법인세 과세표준을 추계결정 또는 추계경정하는 경우에는 외국납부세액공제를 하지 아니한다. 다만, 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 추계하는 경우에는 그러하지 아니한다(법법 68조).

내국법인은 외국정부의 국외원천소득에 대한 법인세의 결정ㆍ통지의 지연, 과세기간의 상이 등의 사유로 법인세 과세표준 등의 신고와 함께 외국납부세액공제세액계산서를 제출할 수 없는 경우에는 외국정부의 국외원천소득에 대한 법인세 결정통지를 받은 날부터 3개월 이내에 외국납부세액 공제세액계산서에 증빙서류를 첨부하여 제출할 수 있다(법령 94조 4항).