2. 퇴직연금

가. 사건의 개요

A법인은 2010. 12. 15. 임시주주총회의 결의로 정관을 변경하여 임원퇴직금지급기준조항을 신설한 다음 2010. 12. 30. 원고의 임직원에 대한 확정기여형 퇴직연금제도 도입을 결정하고 서울지방노동청 DD지청장에게 신고를 마쳤다. A법인은 2010. 12. 30. 정관상 임원퇴직금 지급기준에 따라 산정한 대표이사 BBB에 대한 퇴직연금부담금을 퇴직연금사업자인 중소기업은행에 납입 하였고, 이를 손금에 산입하여 2010 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

서울지방국세청장은 A법인이 대표이사에 대하여 퇴직연금부담금으로 납입한 금액은 정당한 사유 없이 임원 중 대표이사에 대하여만 퇴직금 중간정산금액을 초과하여 과다불입한 것이므로 손금불산입 및 상여처분을 하여야 한다고 보고, 세무조사결과통지를 하였다. A법인은 이에 불복하여 2013. 5. 21. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였으나 2013. 7. 16. 불채택 결정을 받았다. 금천세무서장은 2013. 8. 1. 이 사건 금액을 손금불산입하여 A법인에게 2010 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다. A법인은 이에 불복하여 2013. 8. 30. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2014. 8. 11. 원고의 심판청구를 기각하여 행정소송을 제기하였다.

나. 처분청의 주장

임원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 부담하는 부담금 등이 법인의 손금으로 인정받으려면 임원의 퇴직급여가 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제4항, 제5항에 따라 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 지급된 퇴직급여이어야 하는데, 2010. 12. 15. 변경된 원고의 정관에 규정된 임원 퇴직금지급기준(이하 ‘이 사건 임원 퇴직금지급기준’이라 한다)은 ① 임시주주총회 개최 없이 임의로 신설되었고, ② 대표이사에 대하여만 적용 되어 원고의 모든 임원들에게 일반적으로 적용되는 규정이 아니어서 구 법인세법 시행령 제44조 제4항에 따른 정당한 임원 퇴직금지급기준이라고 할 수 없으므로 이 사건 퇴직연금부담금도 정당한 퇴직급여라고 할 수 없다. 따라서 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서 규정은 적용되지 아니한다.

원고가 퇴직연금사업자에게 이 사건 퇴직연금부담금을 불입한 행위는, 원고가 특수관계자인 대표이사 BBB에게 원고의 이익을 분여하여 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하므로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제2항 및 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 손금불산입의 범위를 정하는 기준인 ‘시가’는 2010. 12. 30. 기준 BBB에 대한 퇴직금 중간정산금액인 000원(예비적으로 임원 퇴직급여지급규정이 없는 경우 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 따른 퇴직급여 한도액인 229,087,100원)이므로, 이 사건 퇴직연금부담금 중 시가를 초과한 금액은 손금불산입의 대상이 되고, 이 사건 퇴직연금부담금은 실질적으로 원고의 대표이사인 BBB의 소유이므로 그 귀속자인 BBB에게 이 사건 금액을 상여 처분한 것은 정당하다.

다. 사건의 진행

라. 대법원의 판결

구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조의2 제2항은 내국법인이 임원 또는 사용인을 위해 지출한 퇴직연금 부담금의 손금산입에 관하여 ‘내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 연금의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금의 부담금으로서 지출하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.’라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 그 중 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입에 관하여 ‘제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 부담금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.’라고 규정하고 있다.

원심은 이 사건 조항을 근거로 삼아 원고가 2010. 12. 30. 대표이사에 대한 퇴직연금 부담금으로 퇴직연금사업자에 납입한 부담금 중 근로자퇴직급여 보장법의 기준에 따라 산정한 퇴직금 중간정산금액을 초과한 금액을 그 납입일이 속하는 2010 사업연도의 손금에 산입하지 아니할 수 없고, 원고의 이 사건 부담금 납입이 부당행위계산에 해당한다고 보기도 어렵다는 등의 이유로 피고들의 각 처분 중 이 사건 금액에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 조항의 해석 및 법인세법상 부당행위계산 부인 규정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자들이 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

원천세과-98, 2014.3.17.

□ 원천세과-98, 2014.3.17.

【질의】 우리 회사는 대표이사의 퇴직금 2012.1.1.~2012.12.31. 기간분 10,000,000원, 2013.1.1.~2013.12.31. 기간분 12,000,000원을 산정하여 확정기여형 퇴직연금에 각각 불입하였으며, 퇴직소득 한도액은 2년간 22,000,000원임. 2014.1.31. 퇴직연금을 폐지, 중단하게 되었고 대표이사는 퇴직금을 일시금으로 신청하였고, 가입일부터 해지일까지의 기간 중 운용수익 1,500,000원이 발생함. 이 경우 원천징수 방법은?

【회 신】 확정기여형 퇴직연금제도에서 지급받은 금액은 퇴직소득임. 다만 임원의 경우 소득세법 제22조제3항에 따라 계산된 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 근로소득에 해당하는 것임.