1. 법인세의 신고

사업규모가 큰 법인이나 조세특례를 적용받는 법인 등은 기업회계와 세무회계의 차이가 많이 발생하고 세액계산이 복잡해서 정확한 법인세를 자체적으로 산출하기가 쉽지 않다. 정확하고 성실한 납세의무 이행을 위하여 외부의 세무대리인이 세무조정을 하도록 하고 있는데, 이를 ‘외부세무조정’이라고 한다. 법령에 정하는 내국법인의 세무조정계산서는 다음 중 어느 하나에 해당하는 자로서 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다(법법 60조 9항).

① 세무사법에 따른 세무사등록부에 등록한 세무사
② 세무사법에 따른 세무사등록부 또는 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사
③ 세무사법에 따른 세무사등록부에 등록한 변호사

외부세무조정 대상법인은 다음 중 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다만, 조세특례제한법 제72조에 따른 당기순이익과세를 적용받는 법인은 제외한다(법령 97조의2 1항).

기업회계와 세무회계의 정확한 조정 또는 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 내국법인의 경우 세무조정계산서는 세무대리인이 작성하여야 한다(법법 60조 9항). 외부세무조정 대상법인이 외부세무조정을 하지 않은 경우에는 적법한 세무조정계산서가 아니므로 무신고로 보아 무신고가산세가 부과된다(법법 97조 9항, 국기법 47조의2 1항).

• 조정반

조정반이란 대표자를 선임하여 지방국세청장의 지정을 받은 다음 중 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 이 경우 세무사등은 하나의 조정반에만 소속되어야 한다(법령 97조의3 1항).

• ① 2명 이상의 세무사등
• ② 세무법인
• ③ 회계법인

[입법취지]외부세무조정제도의 법적 근거 마련
종전에 법인세법 시행령에 따라 일정 규모 이상의 사업자의 경우에는 반드시 세무사법에 따라 등록한 세무사·회계사·변호사가 작성한 세무조정계산서를 제출하도록 규정하고 있었다. 2015.8.20. 대법원은 외부세무조정제도가 외부전문가에게 세무조정계산서의 작성을 의뢰하는 과정에서 추가적인 경제적 부담을 지게 하여 국민의 재산권을 제한하는 내용임에도 불구하고 법률의 명시적 위임 없이 대통령령에 근거하여 운영되고 있는 점을 들어 외부세무조정제도는 위법·무효라고 판결하였다(대법원 2012두23808, 2015.8.20.). 이에 따라 2015.12.15. 세법을 개정하여 외부세무조정제도의 근거를 법률에 직접 규정하였다. 개정규정은 2016.1.1. 이후 과세표준 및 연결과세표준을 신고하는 분부터 적용한다(2015.12.15. 법법 개정부칙 6조).

중소기업이 결손금소급공제를 받으려는 경우 반드시 법인세 신고기한까지 소급공제환급신청서를 제출해야 한다. 법인세 신고기한 내에 소급공제환급신청을 하지 않은 경우에는 경정청구에 의하여 소급공제하지 아니한다(법기통 72－110…2).

종전에는 지방소득세는 부가세(surtax)이므로 결손금소급공제에 따른 환급으로 인하여 법인세액이 달라진 경우에는 별도의 환급신청을 하지 않아도 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 지방소득세를 환급하거나 추징하였다. 그러나 2014.1.1. 이후 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립되는 분부터 지방소득세는 부가세에서 독립세로 개편되었으므로 법인지방소득세를 환급받기 위해서는 법인세에 대한 결손금소급공제환급신청과 별도로 지방세법에 따라 지방소득세에 대한 결손금소급공제환급신청을 하도록 하였다.
이와 같이 법인세와 법인지방소득세의 결손금 소급공제를 각각 신청하도록 되어 있으나 법인세에 대한 환급신청만 하고 지방소득세에 대한 환급신청을 별도로 하지 않는 사례가 빈번히 발생하여 다시 지방세법을 개정하여 2016.1.1. 이후 결손금소급공제를 신청하는 분부터는 세무서장에게 법인세법에 따라 결손금 소급공제 환급을 신청한 경우에는 지방소득세에 대한 환급을 신청한 것으로 보도록 하였다(지법 103조의28 2항).