1. 법인세의 신고

① 소득세 또는 법인세를 직접 전자신고한 경우 :
납세자가 직접 전자신고방법으로 종합소득 과세표준 확정신고 또는 법인세 과세표준신고를 한 경우에는 해당 납부세액에서 2만원을 공제하되, 납부세액이 음수인 경우에는 이를 없는 것으로 본다(조특법 104조의8 1항, 조특령 104조의5 2항).

② 부가가치세를 직접 전자신고한 경우 :
납세자가 직접 전자신고방법으로 부가 가치세 확정신고(일반과세자의 확정신고와 간이과세자의 신고를 말한다)를 하는 경우에는 1만원을 납부세액에서 공제하거나 환급세액에 가산한다. 일반과세자는 납부세액이 없으면 전자신고세액공제액은 환급되나, 간이과세를 포기하고 일반과세자로 전환한 사업자는 매출가액과 매입가액이 없으면 부가가 치세 전자신고세액공제를 공제하지 아니한다. 간이과세자는 납부세액의 범위에서 공제세액을 차감하므로 전자신고세액공제로 인한 환급세액은 발생하지 않는다. 주사업장 총괄납부 승인을 얻은 사업자가 전자신고 방식으로 확정신고를 하는 경우에는 각 사업장별로 전자신고세액공제를 한다(서면3팀-1526, 2004.7.30.).