사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 공제하지 아니한다. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일*까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다(부법 §39 ① 8호). 종전에는 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 공제하였으나, 납세자 편의를 제고하기 위하여 2013.2.15. 이후 신고하는 분부터 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 그 과세기간 내 매입세액은 공제할 수 있도록 하였다.
사업자등록 전의 거래분은 개인사업자(법인은 대표자)의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서나 신용카드매출전표 등을 수취해야만 매입세액 공제를 받을 수 있다.