4. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

□ 주식 관련 매입세액

국세청은 과세사업자가 주식을 발행하거나 주식을 매매하는 것과 관련된 매입세액은 주식이 부가가치세 과세대상이 아니므로 사업과 관련이 없다고 해석하고 있다(부가－3066, 2008.9.16.; 법규과－915, 2009.7.6.; 서삼－2640, 2007.9.19.). 이러한 해석은 주식은 부가가치세 과세대상 재화가 아니어서 주식을 발행하거나 매각해도 매출세액이 발생하지 않으므로 그 주식의 발행이나 매매와 관련된 매입세액을 사업과 관련이 없는 매입세액으로 본 것이다.
국세청은 매입세액의 사업관련성을 따지는 데 있어 물물대응의 원칙을 적용하여 주식은 양도시 부가가치세가 과세되지 않으므로 그 매입세액을 공제하지 않는다고본다. 그러나 법원에서는 과세사업자의 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될” 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 부가가치세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제대상으로 하되 ｢부가가치세법｣에 불공제대상으로 열거된 경우에만 공제하지 아니한다고 본다. 최근 조세심판원에서도 주식과 관련된 매입세액이라도 사업과 관련된 경우에는 매입세액을 공제한다고 결정하고 있다.

<주식 관련 매입세액 공제 사례>

구분		내용
주식취득	사업과 관련하여 경영권 인수를 위한 주식 취득과 관련된 매입세액	원고의 사업은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이 아니고, 원고는 자신이 영위하는 의류 및 잡화 판매업 등을 위하여 다른 법인의 경영권 인수를 추진하면서 이에 필요한 자문과 조언 및 법률자문 등의 용역을 공급받은 것이므로 이 사건 법률수수료의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있음(서울고등법원 2011누32166, 2012.10.26., 대법원은 ‘대법원 2012두28407, 2013.4.26.’에서 원심판결은 정당하다고 판결함).
	지주회사가 사업목적 수행을 위해 취득한 주식 관련 매입세액	주식의 소유를 통하여 다른 법인의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 지주회사일 경우 그 사업목적 수행을 위해 다른 법인의 주식을 취득하면서 지출한 매입세액은 과세대상 사업과 관련된 매입세액으로서 공제대상이 됨[(서울고등법원 2016누54574, 2017.6.21., 대법원은 ‘대법원－2017－두－52320, 2017.10.26.’으로 원심이 정당하다고 판결함)
	합병을 하기 위한 주식 취득의 자문료 관련 매입세액의 공제여부	처분청은 쟁점자문료 등은 경영권 인수목적이 아닌 단지 타법인 주식의 주식취득에 사용된 비용이므로 매입세액공제대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부하였으나, ○○○는 ○○○과 컨소시엄을 구성하여 ○○○ 주식을 각각 ○○○를 취득○○○한 점, 금융감독원 전자공시시스템에 물류 전문성 확보 및 기업가치 증대 목적으로 ○○○ 주식을 취득한다고 공시한 점, 2011.12.30. 쟁점주식 매도인인 ○○○ 주식회사 및 ○○○ 주식회사와 ○○○ 임직원의 고용승계를 조건으로 ○○○가 ○○○과의 합병동의에 대한 합의서를 작성한 점 등에 비추어, ○○○가 쟁점주식을 취득한 목적은 합병을 하기 위한 것으로 봄이 타당하다 할 것임. 따라서, 처분청이 쟁점부가가치세는 매입세액공제대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심2013구4276, 2014.7.16.).
주식보유	보유주식 관련 형사사건 자문용역에 대한 매입세액	① 이 사건 주식의 소유자는 원고 법인이고, 최AA은 원고 법인과는 별도로 XX공영의 유상증자에 참여하여 주식을 소유 하였던 점, ② 김BB이 작성한 이 사건 통고서의 상대방이 원고로 기재되어 있고, 이 사건 약정서의 계약당사자 또한 원고로 기재되어 있었던 점, ③ 김BB이 제기한 이 사건 가처분신청의 채무자와 이 사건 소의 피고가 모두 원고였던 점, ④ 김BB이 사문서위조 등을 통해 편취하려고 한 대상은 원고에 대한 지배권 또는 경영권이 아니라 원고가 소유한 이 사건 주식이었던 점, ⑤ 위 사정들에 비추어 김BB의 범죄행위로 인한 피해자는 원고 법인으로 봄이 타당하므로 (김BB에 대한 공소장 및 판결문의 범죄사실에 기재된 ”최AA”의 의미는 개인이 아니라 원고 법인의 대표이사로서의 자격을 의미하는 것으로 보인다), 이 사건 법률자문수수료가 최AA이 부담하여야 할 비용 이라고 할 수 없는 점, ⑥ 이 사건 주식은 원고의 총자산에서 거의 대부분을 차지하고 있는 핵심 자산으로서, 원고가 김BB의 통고에 대하여 아무런 법적 대응을 하지 아니 할 경우 원고에게 회복할 수 없는 손해가 발생할 가능성이 있었고, 형사사건의 증거를 확보하여 향후 발행할 민사소송의 유력한 증거를 확보할 필요성도 있었던 것으로 보이는 점, ⑦ 이 사건 법률자문수수료는 매입세액에서 공제되지 않는 업무와 관련 없는 지출을 열거하고 있는 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조, 소득세법 시행령 제78조의 규정에도 해당되지 않는 점, ⑧ 피고는 이 사건 부과처분의 근거로 부가가치세법 제17조 제2항 제6호{부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입 세액을 포함한다)}도 들고 있으나, 원고의 주된 목적 사업은 건설업, 부동산 임대 및 매매업 등 과세사업으로서 위 규정에 해당되지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 매입 세액은 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이라고 볼 수 없음(서울행정법원2012구합22751, 2012.11.16.).
	보유주식의 경영권분쟁에 대한 자문료의 매입세액	쟁점소송수임료는 청구법인이 소유한 주식에 대한 경영권 분쟁 소송에 따른 것으로 청구법인이 소송당사자로 지출한 비용인 점, ○○○ 주식이 청구법인 자산의 상당부분(약 13%)을 차지하고 있고, 청구법인이 법적대응을 하지 않을 경우 회복할 수 없는 손해가 발생할 가능성이 있었던 점, 쟁점소송수임료가 업무와 관련 없는 지출을 열거하고 있는 ｢법인세법 시행령｣ 제49조 제3항 및 제50조에 해당하지 않는 점, 청구법인의 주된 목적사업이 종합사업컨설팅 및 사업지원 서비스업 등으로서 투자와 관련이 있고 과세사업에 해당하는 점 등을 감안할 때, 쟁점소송수임료를 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출 보아 당해 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 잘못된 것으로 판단됨(조심2013서0148, 2013.5.10.)
	주식매각 관련 자문용역의 매입세액	처분청은 쟁점수수료와 쟁점자문료가 청구법인의 과세사업과 관련이 없거나 주식매각(투자)에 관련된 용역에 관한 것이라는 등의 이유로 청구법인에게는 ｢부가가치세법｣ 제34조에 따른 대리납부의무가 있다는 의견이나, 쟁점수수료의 경우 청구법인이 그 동안의 패션위주의 사업을 유통사업으로 확장하기 위하여 ○○○로부터 ○○○의 경영권을 인수하였다가 이후 경영상의 어려움으로 인하여 기업 전체의 구조조정이 필요하자 다시금 ○○○를 매각하는 과정에서 자문용역을 제공받고 이를 지급한 것이고, 쟁점자문료의 경우 원래 주업종인 패션사업의 해외진출을 위하여 ○○○를 인수하는 과정에서 현지에서 발생하는 법률문제 등을 해결하기 위하여 지급한 것이므로, 특별한 사정이 없는 이들은 청구법인의 과세사업과 관련된 것으로 봄이 상당하고, 단순히 주식 자체에 대한 거래(투자)에 관한 중개수수료로 보기는 어려우므로, 처분청이, 청구법인이 쟁점수수료와 쟁점자문료를 지급하고 제공받은 주식매각 자문용역과 법률자문용역을 부가가치세 대리납부의무가 있는 용역의 공급으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심2012서3417, 2014.1.22.).
금융자문용역	금융자문용역에 대한 매입세액	금융자문용역에 있어 사업관련성 여부는 금융자문용역의 결과로 조달되는 자금의 성격에 의하여 정해지고, 조달자금의 성격은 자금의 용도에 따라 정해진다고 할 것이며, 조달자금이 부가가치세가 면세되는 사업에 사용되었다거나 개인적으로 유용한 사실이 확인되지 않는 한, 동 자금 조달과 관련하여 제공된 금융자문용역을 부가가치세가 면세되는 용역으로 볼 수 없음(조심2016중3427, 2017.2.14.)
	발주한 쟁점사업에 참여하기 위한 자금조달 관련 금융자문용역의 매입세액	청구법인은 ○○○이 발주한 쟁점사업에 참여하기 위한 선결조건인 공사자금 조달계획을 수립하고 막대한 자금을 조달하기 위하여 쟁점거래처와 금융주선 자문계약을 체결한 점, 청구법인은 동 자문계약에 따라 쟁점거래처에게 쟁점자문수수료를 지급한 점, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결, 같은 뜻임)이지 청구법인이 쟁점사업의 입찰에서 탈락하였다고 하여 쟁점자문수수료를 달리 볼 것은 아닌 점, 청구법인은 변전소 설비제작 및 설치 외의 다른 업종은 영위하지 않아 모두 과세사업을 영위하고 있고 면세 관련 사업은 영위하고 있지 아니한 점 등에 비추어 쟁점자문수수료를 청구법인의 사업과 직접 관련성이 없다고 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심2017중112, 2017.3.13.)