5. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 않은 경우

[주의] 부당행위계산의 부인 금액에 대한 세금계산서 발급의무

사업자가 특수관계인과 영세율 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 경우, 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여는 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 셈이 되므로 영세율과세표준신고불성실가산세 부과대상이 된다고 할 것이지만, 부당행위계산의 부인은 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급하는 자의 과세표준을 재계산하는 효력을 가지고 있을 뿐이고, 특수관계자와 사이에 적법․유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 재구성하는 효력을 가지는 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 보기 어렵고, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수도 없다(대법원 2002두1588, 2004.9.23.).