1. 양도소득과세표준
(1) 장기보유특별공제
2) 공제금액
장기보유특별공제는 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한다.
[표 1] 세대 1주택 외의 자산| 보유기간 | 장기보유특별공제율 | |
|---|---|---|
| 2018.12.31. 이전 양도분 | 2019.1.1. 이후 양도분 | |
| 3년 이상 4년 미만 |
10% | 6% |
| 4년 이상 5년 미만 |
12% | 8% |
| 5년 이상 6년 미만 | 15% | 10% |
| 6년 이상 7년 미만 | 18% | 12% |
| 7년 이상 8년 미만 | 21% | 14% |
| 8년 이상 9년 미만 |
24% | 16% |
| 9년 이상 10년 미만 | 27% | 18% |
| 10년 이상 11년 미만 | 30% | 20% |
| 11년 이상 12년 미만 | 22% | |
| 12년 이상 13년 미만 | 24% | |
| 13년 이상 14년 미만 | 26% | |
| 14년 이상 15년 미만 | 28% | |
| 15년 이상 | 30% | |
| 보 유 기 간 | 2009.1.1 이후 양도분 |
|---|---|
| 3년 이상 4년 미만 |
24% |
| 4년 이상 5년 미만 |
32% |
| 5년 이상 6년 미만 | 40% |
| 6년 이상 7년 미만 | 48% |
| 7년 이상 8년 미만 | 56% |
| 8년 이상 9년 미만 |
64% |
| 9년 이상 10년 미만 | 72% |
| 10년 이상 | 80% |
* 위의 규정은 2009.1.1. 이후 양도분에 적용되는 규정이므로 2008.12.31. 이전 양도분은 종전 규정을 적용한다.
□ 1세대 1주택에 대한 공제율[표 2]의 적용대상 
<2019.12.31. 이전 양도분>
1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조(1세대 1주택의 특례)ㆍ제155조의 2(장기저당담보주택에 대한 1세대1주택의 특례)ㆍ제156조의 2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다(소령 159조의2). → 비과세요건 충족여부는 관계 없음
<2020.1.1. 이후 양도분>종전에는 1세대 1주택자는 거주기간 요건 없이 보유기간에 따라 최대 80% 장기보유특별공제를 적용하였으나, 2020.1.1. 이후 양도분부터는 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우에 한하여 최대 80%의 장기보유특별공제를 적용하도록 하였다(소령 159조의 3).
장기보유특별공제 적용방법
- ① 장기보유특별공제는 거주자, 비거주자, 단체에게 모두 적용된다. 다만, 비거주자와 단체에게는 [표 2]의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율은 적용하지 않는다.
- ② 장기보유특별공제는 자산별로 각각 계산한다. 주택을 양도한 경우에는 토지와 건물별로 장기보유특별공제액을 계산하여 그 자산의 양도소득금액에서 각각 공제한다. 건물에서 양도차손이 발생하고, 부수토지에서 양도차익이 발생한 경우 장기보유특별공제는 토지에만 적용해야 한다.
- ③ 1세대 1주택은 [표 1]과 [표 2]의 공제율 중 유리한 것을 적용할 수 있다.
1세대 1주택인 고가주택, 주택보유기간 3년, 토지의 보유기간 15년인 경우
- 주택건물 : 1세대 1주택의 공제율[표 2] 24% 적용
- 부수토지 : 토지의 보유기간(15년)에 대한 공제율[표 1] 30%와 1세대 1주택의 주택부수토지로서 주택보유기간(3년)에 대한 공제율[표 2] 24% 중 큰 공제율 선택
상속주택과 일반주택 보유시 일반주택을 양도한 경우
상속주택과 일반주택을 보유시 일반주택을 양도시는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보므로 일반주택을 먼저 양도시 장기보유특별공제는 [표 2]를 적용하나, 상속주택을 먼저 양도하는 경우에는 2주택을 소유하고 있는 것으로 보므로 [표 1]을 적용함(부동산거래관리과-241, 2011.3.18)
재산세과-1183, 2009.06.16
장기보유특별공제액을 계산함에 있어 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우로서 주택의 면적이 주택외의 면적보다 큰 겸용주택의 경우 당해 겸용주택의 주택외의 부분도「표2」의 보유기간에 따른 공제율을 적용하는 것이며, 보유기간 계산은 주택의 면적이 주택외의 면적보다 크게 된 날부터 기산한다.
재산세과-472, 2009.02.09
장기보유특별공제액을 계산함에 있어 주택을 주택 외의 용도로 변경하여 사용하다가 이를 다시 주택으로 용도 변경하여 주택으로 사용하는 중 당해 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 보유기간 계산은 당해 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간을 통산한다.