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1. 양도소득세 과세대상

(4) 일반주식 등

2) 대주주의 범위
상장주식을 양도한 경우 양도소득세가 과세되는 대주주란 주식양도일의 직전 사업연도 말 현재 주주 1인 및 그와 특수관계인의 지분율이나 시가총액이 다음에 해당하는 자를 말한다. 특수관계인은 국세기본법 시행령 제1조의 2의 친족(최대주주가 아닌 경우에는 배우자와 직계존비속을 말한다)과 경영지배관계에 해당하는 자를 말한다(소령 157조 4항).


구분		대주주(지분율 또는 시가총액* 중 어느 하나를 갖춘 자)
		2017.1.1.부터 2018.3.31.까지 양도분		2018.4.1.부터 2020.3.31.까지 양도분		2020.4.1.부터 2021.3.31.까지 양도분		2021.4.1. 이후
		지분율	시가총액	지분율	시가총액	지분율	시가총액	지분율	시가총액
상 장 주 식	유가증권 시장	1% 이상	25억원 이상	1% 이상	15억원 이상	1% 이상	10억원 이상	1% 이상	3억원 이상
	코스닥시장	2% 이상	20억원 이상	2% 이상	15억원 이상	2% 이상		2% 이상
	코넥스시장	4% 이상	10억원 이상	4% 이상	10억원 이상	4% 이상		4% 이상

직전 사업연도 종료일에 지분율이 위의 비율 미만이었으나, 그 후 주식을 취득함으로써 위의 비율 이상이 된 경우에는 그 취득일부터 대주주로 본다(소령 157조 6항).

*1 시가총액은 다음 금액을 말한다(소령 157조 7항).
① 주권상장법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

② 위 ① 외의 주식 등의 경우에는 기준시가규정(소령§165④)에 의한 평가액

□ 사업연도 중에 주식 추가 취득시 대주주 판단

직전 사업연도종료일 현재에는 대주주 기준비율에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 대주주 기준비율 이상을 소유하게 되는 때에는 취득일부터 사업연도 종료일까지 대주주로 본다.

합병법인 또는 분할법인의 대주주 판정기준일


구 분	판정기준일
원 칙	직전 사업연도 종료일
피합병법인의 주주가 합병법인의 신주를 합병사업연도에 양도하는 경우	해당 피합병법인의 합병등기일
분할신설법인의 신주를 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나, 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우	해당 분할 전 법인의 분할등기일 ☞ 2013.2.15. 이후 분할하는 분부터 적용

주식대차거래시 대주주 판단


종 전	개 정
▢ 양도소득세 과세대상인 대주주 주식 판정시 대차거래 주식 산정 방법 ○대차주식은 차입자에게 양도된 것으로 보아 대여자 주식에서 제외 (대법원2007두11092, 2010.4.29.)	○대차주식은 대여자 주식으로 보아 대주주 여부 판정

* 적용시기 및 적용례
2013.2.15. 이후 대차거래하는 분부터 적용. 다만, 2013.2.14.이전에 대여되어 2013.2.14.까지 반환되지 아니한 주식등에 대해서는 2013.2.15.이 속하는 사업연도의 종료일 후부터 개정규정을 적용

□ 대주주 판정시 우선주 포함여부(재산세과-765, 2009.11.19.)
양도소득세 과세대상 ‘주권상장법인의 주식 등’에는 무의결권 우선주도 포함된다.

[사례] 대주주 판단 사례

① 상장법인의 판정기준일 : 상장 여부는 양도일을 기준으로 판단한다. 예를 들어, 직전 사업연도종료일에는 비상장법인이었으나 양도일 현재 코스닥상장법인인 경우 코스닥상장법인이므로 직전 사업연도종료일 현재 지분율 4%와 시가총액 40억원 기준을 적용한다(부동산거래-627, 2010.4.30).
② 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자기구를 통한 간접투자 주식을 합산하지 아니하고 판단함.
[예] 개인주주 갑이 A법인(상장법인)에 90억원을 출자하고 개인주주 갑이 15억원을 출자한 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자기구가 A법인에 전액 투자한 경우 : 투자기구를 통한 투자금액은 제외하고 대주주를 판단하므로 투자금액은 90억원임(재산-1237, 2009.06.19.).
③ 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다(소령 157조 7항).

□ 주주가 주식발행법인에게 주식을 양도한 경우의 소득구분

매매가 주식의 소각이나 자본감소의 절차의 일환인 경우 : 의제배당
위 외의 경우 : 양도소득

주식의 매도가 주식의 양도에 해당하는지 또는 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당 하는지는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다(대법원 19923.11. 24. 선고92누3786 판결, 대법원 2002. 12. 26. 선고 2001두6227 판결 등 참조).

[ 사례 ]

소득46011-21368, 2000.11.27.

법인이 증권거래소를 통하여 일반적인 매매방법으로 불특정다수의 주주로부터 취득한 자기주식을 그 후 상법 제343조 제1항 단서의 규정에 의하여 소각하는 경우에는 의제배당에 해당하지 아니하는 것임.

서이46013-11898, 2003.10.31.

증권거래법에 의한 공개매수 방법으로 유가증권시장 밖에서 당해 법인이 주주로부터 주식소각 목적으로 자기주식을 취득하여 상법 제343조 제1항 단서의 규정에 의하여 주식을 소각하는 경우에, 주주가 취득하는 금전 등의 가액이 그 주식의 취득가액을 초과하는 금액은 소득세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 의제배당에 해당하는 것임.

서면2팀-860, 2004.04.23.

내국법인이 주식소각을 목적으로 주주총회에서 합병에 반대하는 외국주주의 주식을 매입하여 소각하기로 결의하고 주식소각방법에 의한 자본감소절차를 통하여 상법 제341조의 규정에 따라 외국소재 말레이시아 법인으로부터 자기주식을 취득하고 이를 소각함에 있어, 외국주주인 말레이시아 법인이 당해 내국법인으로부터 받는 금액이 동 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 의제배당임