사업자가 사업장별로 재무제표를 작성하는 경우에는 사업장별로, 각 사업장을 통합하여 재무제표를 작성하는 경우에는 통합하여 「성실신고확인서」를 작성한다. 그러므로 재무제표의 작성방식에 따라 선택 가능하지만, 사업장별로 조세감면을 달리 적용받는 경우에는 반드시 사업장별로 작성해야 한다. 다만, 둘 이상의 사업장에 대해 각각 재무제표를 작성한 경우 사업장별로 성실신고확인 대상 여부를 판정하는 것은 아니다.
세무대리인이 성실신고확인 대상사업자의 성실신고확인서를 작성하는 경우에는 부동산임대업인 사업소득, 부동산임대 외의 사업소득으로 구분하여 각각 별도로 작성한다.
공동사업장의 성실신고확인서는 그 공동사업장의 대표자가 제출한다. 공동사업장의 대표자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 공동사업장의 구성원도 6월말까지 신고･납부할 수 있다.