2. 연결납세방식의 적용

1) 연결자법인의 배제사유

연결모법인의 완전지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다(법법 76조의12 1항).

• 연결자법인이 완전지배를 받지 않게 된 경우

연결모법인과 한 개의 연결자법인으로 구성된 연결집단이 연결납세방식을 적용하던 중, 연결자법인이 연결모법인의 완전지배를 받지 아니하게 된 경우 연결자법인은 「법인세법」 제76조의12에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업업도 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니하는 것이며 연결모법인이 완전 지배하는 연결자법인이 더 이상 존재하지 않게 된 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다(서면법령법인-85, 2016.4.6.)

2) 연결자법인 배제시 연결법인 간 결손금 공제액의 환원

연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 연결자법인 배제규정에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 연결자법인이 파산함에 따라 해산하는 경우 또는 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 그러하지 아니한다(법법 76조의12 2항, 법령 120조의16 2항).

• 연결모법인이 연결자법인에 흡수합병되는 경우 결손금의 익금산입 여부

두 개의 내국법인이 「법인세법」제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용하던 중 연결모법인이 연결사업연도 중에 연결자법인에 흡수합병되는 경우 연결사업연도 기간 중 연결모법인의 결손금과 공제한 연결자법인의 소득금액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 연결자법인의 익금에 산입하지 아니한다(기획재정부 법인세제과-1285 [기획재정부법인세제과-1285], 2017.10.16.).

3) 연결법인 변경신고

연결모법인은 연결자법인이 연결대상에서 배제된 경우 1개월 이내에 연결법인 변경신고서를 납세지 관할 세무서장을 경유하여 완전모법인의 납세지 관할 지방국세청장에게 제출하여야 한다(법법 76조의12 4항).
연결자법인의 배제의 경우에는 (5) 연결납세방식의 취소 3) ~ 6)의 규정을 준용한다.