연결납세방식의 적용을 포기하려는 경우 연결모법인은 연결납세방식을 적용하지 않으려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 연결납세방식포기신고서를 납세지 관할 세무서장을 경유하여 완전모법인의 납세지 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다(법법 76조의10 1항).
연결납세방식을 포기한 연결법인은 연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다(법법 67조의10 2항).
연결납세방식을 포기한 경우 연결사업연도의 미공제 결손금 중 각 연결법인에 귀속하는 금액은 해당 연결법인의 결손금으로 보아 그 후 과세표준 계산상 공제할 수 있다(법법 76조의10 2항).
연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전지배하게 된 경우 다음과 같이 연결납세방식을 적용해야 한다(법법 76조의11).
① 기존 법인이 새로 완전지배를 받게 된 경우：완전지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 연결납세방식 적용
② 완전지배를 받는 자법인을 설립한 경우：설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식 적용
연결모법인은 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 연결법인 변경신고서를 납세지관할 세무서장을 경유하여 납세지 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.