지방국세청장은 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 연결납세방식의 적용승인을 취소할 수 있다(법법 76조의9 1항).
① 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우
② 연결모법인이 완전지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우
③ 연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우
④ 추계조사결정 사유로 장부 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우
⑤ 연결법인에 수시부과사유가 있는 경우
⑥ 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인 제외)의 완전 지배를 받는 경우
연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인 제외)의 완전 지배를 받는 사유로 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결집단이 취소된 날로부터 1개월 이내에 새로운 모법인을 기준으로 연결납세방식의 적용 신청서를 제출하여 승인받은 경우에는 그러하지 아니한다(법법 76조의9 2항).
① 연결사업연도 동안 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액 : 익금에 산입
② 연결사업연도 동안 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금 : 손금에 산입
연결납세방식의 적용승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용할 수 없다(법법 76조의9 2항).
지방국세청장이 연결납세방식의 적용승인을 취소하는 때에는 그 사유를 기재하여 연결모법인에 서면으로 통지하여야 한다(법령 120조의14 1항).
연결납세방식의 적용승인이 취소된 경우 연결사업연도의 미공제 결손금 중 각 연결법인에 귀속하는 금액은 해당 연결법인의 결손금으로 보아 그 후 과세표준 계산상 공제할 수 있으며, 납부한 연결중간예납세액 중 연결법인별 중간예납세액은 각 연결법인의 중간예납세액으로 본다(법법 76조의9 3항·4항).
납부한 연결중간예납세액 중 연결법인별 중간예납세액은 각 연결법인의 중간예납세액으로 본다(법법 76조의9 5항).
사업연도 불일치가 인정되는 금융회사 등에 대하여 연결납세방식의 적용승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래 사업연도 개시일의 전일까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다(법법 76조의9 5항).