Ⅵ. 과세·면세 겸영사업자

• 슈퍼마켓에 사용하는 건물의 매입세액은 공통매입세액으로 면세사업 관련 매입세액은 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 의해 안분계산하여 불공제하여야 하는데도 부가가치세 환급 현지확인 시 공통매입세액 안분계산을 누락하여 부가가치세 000백만원 부족징수

① 청구인은 매출 발생 이전에는 안분계산을 하지 않고 매출 발생 이후 공급가액을 기준으로 안분하여 신고하였다가, 추후에 수정신고를 통해 면적 기준으로 안분방법을 변경한 점, 청구인이 제출한 도면과 사진만으로는 쟁점건물의 착공 당시부터 청과·야채코너의 면적이 확정되어 있었다고 보기 어려운 점, 현재의 매장상태도 청과·야채 코너를 비롯한 매장공간 구성이 냉장고 및 가판 등으로 되어 있어 객관적으로 명확하게 면적이 구분되어 있다고 보기 어려워 면세사업의 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 공통매입세액을 공급가액비율로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심2014구2384, 2014.12.22.).
② 건물 신축과 관련된 매입세액에 있어서 면세사업에 사용되는 면적과 과세에 공하는 면적은 실지 귀속분을 찾을 수 있는 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으며 건물 신축관련 매입세액은 특단의 사정이 없는 한 그 건축비용이 건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 볼 수 있으므로 과세사업과 면세사업을 함께 영위할 목적으로 신축한 쟁점건물에 있어서 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 예정되어 있는 경우 쟁점건물 신축관련 매입세액은 과세 및 면세에 사용할 면적의 비율에 의하여 합리적으로 계산할 수 있다 할 것이다(같은 뜻 : 국심95구 2377, 1996.1.25. 외 다수). 이건 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)에 대한 공통매입세액의 면세 및 과세부분의 매입세액 안분계산을 처분청의 조사공무원과 청구법인의 직원이 함께 과세사업예정면적과 면세사업예정면적을 실측한 후 동 면적의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심1999부341, 1999.08.14.).

① 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제29조 제4항의 규정에 의하여 약사법에 규정하는 약사가 제공하는 의약품의 조제용역은 부가가치세가 면제되는 것이며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자는 부가가치세 신고시 부가가치세신고서상의 "면세"란에 면세수입금액(조제분)을 기재하여 사업장 관할세무서에 부가가치세 신고서를 제출하여야 하는 것입니다.
② 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 부가가치세의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며,
③ 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업 또는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 다음 산식에 의하여 계산하는 것입니다. 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액에 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산하는 것입니다.