Ⅴ. 매입세액공제

• 주식 등 유가증권의 매매는 부가가치세가 과세되지 않는 것이므로 타 법인의 주식을 취득하는 과정에서 지급한 수수료 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없음에도타 법인의 주식취득 자금조달과 관련하여 발생한 금융자문수수료 등에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고한 데 대해 환급 서면검토 소홀로 부가가치세 0,000백만원 부족징수

[질의]
갑 법인은 통신판매와 인터넷쇼핑몰 등을 영위하는 법인입니다. 또한, 갑 법인은 타 법인의 비상장주식을 보유하고 있으며 이 타법인주식의 매각을 위하여 을 법무법인과 법률용역 계약을 맺었습니다. 그 계약목적은 갑 법인이 보유하고 있는 주식에 대한 적절한 주식가격의 평가와 매수 상대방의 물색, 매매계약조건의 협상, 매매계약서의 작성 및 법률자문 기타 이와 관련된 제반 업무의 수행이 그 골자입니다. 이러던 중 최근 매매계약이 체결되어 매매가 확정되었고 갑 법인은 보유하고 있던 비상장주식을 병 법인에게 양도하고 대금을 수령하였으며, 을 법무법인에게 제공받은 용역에 대하여 용역계약서상에 명기된 용역 대가를 지불하고 매입세금계산서를 수취하였습니다. 이 경우 갑 법인은 수취한 매입세금계산서상의 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부?

[회신]
사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 과세사업과 관련 없이 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다(서면인터넷방문상담3팀-698 , 2006.04.12.)

원고는 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 이 사건 아울렛을 운영하면서 동종 업체인 주식회사 EEI&C의 경영권 인수를 추진하기로 하고 위 회사 발행주식의 공개매수를 진행하였으나 성공하지 못하자 주식회사 EEI&C의 경영권 인수에 대신하여 위 회사와 출자관계에 있는 별개 회사인 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하기로 하였다. 이 사건 제2지출액은 앞서 본 바와 같이 원고가 주식회사 EE의 경영권 인수를 목적으로 인수전략 수립 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공받고 그 대가로 지출한 것으로 인정되고, 이 사건 법률수수료는 원고가 위와 같이 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하면서 법무법인들로부터 그에 필요한 법률자문을 받고 그 법무법인들에게 지급한 수수료이다. 그렇다면, 원고의 사업은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이 아니고, 주식을 공급하는 사업이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 해당하지도 않으며, 원고는 자신이 영위하는 의류 및 잡화 판매업 등을 위하여 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하면서 이에 필요한 자문과 조언 및 법률자문 등의 용역을 공급받은 것이므로, 이 사건 제2지출액 및 이 사건 법률수수료는 원고가 위와 같이 용역을 공급받음으로써 발생한 매입세액으로서 원고의 매출세액에서 공제할 수 있다고 할 것이다.
* 대법원은 “대법원2012두28407, 2013.04.26.”에서 원심판결은 정당하다고 판결함