Ⅳ. 과세표준과 매출세액

사업자가 면세대상인 토지와 과세대상인 건물 및 구축물 등을 함께 공급한 경우에는 실지거래가액에 의하여 토지, 건물 및 구축물 등의 공급가액을 계산하는 것을 원칙으로 한다. 실지거래가액에 대한 국세청의 유권해석, 조세심판원의 심판례와 법원의 판결은 다음과 같이 차이가 있다.

구 분	실지거래가액
국 세 청	계약서상 토지와 건물의 거래가액이 구분되는 경우(계약서상 토지와 건물의 거래가액이 구분되지 않는 경우에도 매매계약체결 전에 계약당사자간에 토지가액과 건물가액에 대하여 합의한 사실이 토지와 건물의 가액산정 근거서류 등에 의해 확인되는 경우 포함)로서 계약서상의 매매금액이 실지거래가액으로 확인되고 구분표시된 토지와 건물의 가액이 건물의 규모와 형태, 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 등 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에만 계약서에 구분기재된 금액을 실지거래가액으로 인정한다. 계약서상 토지와 건물의 가액이 구분되는 경우에도 사회통념상 합당하지 않다고 인정되면 토지와 건물의 가액은 불분명하다고 봄(부가가치세과－1045, 2011.8.31.).
조세심판원	매매계약서의 매매가액이 실지거래가액으로 확인되고 그 계약서상 토지와 건물의 가액이 구분 표시되어 있으며 구분 표시된 토지와 건물의 가액이 당해 토지․건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 지역 유사부동산의 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상에 기재되어 있는 건물가액을 공급가액으로 인정하여야 하고, 반면 매매계약서에 기재된 매매금액이 실지거래가액으로 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 것으로 판단되는 경우에는 부득이 이를 부인하고 국세청장이 정한 안분계산방법에 따라 계산함(국심 2005중18, 2005.9.28. 외 다수 같은 뜻임).
법 원	서울고등법원은 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 단서(현행 ｢부가가치세법｣ §29 ⑨ 단서)는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세 대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정인 점(대법원 89누169, 1989.12.26.) 등을 종합하여 보면 세금계산서, 매매계약서, 장부 그 밖의 증명 자료에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 기재내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 ‘토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 매도하면서 당사자의 의사에 따라 세금계산서 및 매매계약서에 그 토지와 건물의 가액을 구분하여 기재한 이 사건에서 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 단서를 적용하여 원고가 신고한 부가가치세 과세표준 및 납부세액을 경정하기 위해서는 위 증명 자료의 기재가 허위라거나 기재내용에 누락이 있다는 점이 인정되어야 할 것인데, 이를 인정할 만한 별다른 증거가 없고, 따라서 피고의 주장은 이유 없다(서울고등법원 2013누13510, 2013.11.14.)고 판결하였음. 국세청은 고등법원 판결에 대하여 상고하였으나, 대법원은 상고심절차특례법 제4조 제1항에 따라 상고를 기각하였음(대법원 2013두25450, 2014.3.14.).

국세청과 조세심판원은 계약서의 금액이 합리적인 경우에만 인정하나, 법원에서는 당사자가 합의해서 거래금액을 정했으면 그 금액이 실지거래가액이라고 판단하고 있다. 국세청과의 마찰을 피하기 위해서는 계약서에 기재하는 금액에 대한 합리적인 근거 자료를 준비해야 한다.