청구인은 2009년 귀속 양도소득세 신고시 OOO OOO OO동 306-3 등 7필지 토지 7,501㎡의 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액을 다음과 같은 산식에 의해 OOO원으로 산정하였다.
과세이연금액 = 양도소득금액 × 대토보상상당액 / 2009년 과세분 보상액
대한주택공사 OOO지역본부장이 발행한 ‘대토보상자의 보상명세서’에 의하면, 대한주택공사는 OOO동 306-3 등 9필지 12,066㎡를 「택지개발촉진법」 제8조에 의해 택지개발 목적으로 수용하고, 이에 대한 총보상액 중 일부는 현금보상, 일부는 채권보상, 잔액은 대토보상한 것으로 나타난다.
처분청이 2011.1.28. 국세청장에게 한 대토보상 과세이연금액의 산정방법에 관한 과세기준자문신청에 대하여 국세청장은 2011.4.6. 다음과 같이 회신한 것으로 나타난다.
<회신내용>
거주자가 토지 등을 사업시행자에게 양도하고 토지 등의 양도대금의 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성된 토지로 보상받은 경우로서 일부 토지가 「조세특례제한법」 제69조가 적용되는 때에는 같은 법 시행령 제73조 제1항 산식의 “대토보상상당액”은 해당 공익사업의 시행으로 조성된 토지의 취득가액에 “총보상액에서 감면대상 토지의 양도가액을 차감한 가액”이 “총보상액”에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액을 말하는 것이다.
대토보상액은 청구인이 대토보상에 따른 양도소득세 과세특례를 신청한 7필지에 대한 대토보상이 아니라, 청구인이 2008.12.7. 및 2009.1.5. 양도한 9필지 전체에 대한 대토보상이므로 이를 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 신청한 7필지에 대한 대토보상상당액으로 안분계산하고, 이 건 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액은 그 안분계산된 대토보상상당액을 기초로 산정하는 것이 합리적이라 할 것이다.
따라서 7필지의 토지에 대한 대토보상상당액을 ‘대토로 보상받은 토지의 취득가액’에 ‘총보상액에서 자경농지에 대한 감면대상토지의 양도가액을 차감한 가액’이 ‘총보상액’에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 계산하여 이를 기초로 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액을 산정한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.