「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 수도권과밀억제권역, 부산광역시(기장군은 제외), 대구광역시(달성군 제외), 광주광역시, 대전광역시 및 울산광역시의 관할구역(다만, 산업단지 제외), 행정중심복합도시 등 외의 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2018년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.
① 내국법인 : 다음 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.
② 거주자 : 다음과 같이 계산한 양도차익에 대한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.
공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례를 적용받은 내국인이 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 다음 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다.
① 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액
② 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액
이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 이 경우 해당 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세 또는 양도소득세로 납부하여야 하며, 그 세액은 「법인세법」 제64조 또는 「소득세법」 제111조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.