Ⅹ. 감면, 과세이연, 이월과세

• 농지를 농업회사법인에 현물출자하기 전부터 설정된 근저당 채무를 농업회사법인이 승계받은 것으로 등기부등본에 확인되므로, 채무상당액을 차감한 양도소득에 대하여 세액면제 하여야 함에도 전체 양도소득에 대한 세액면제 신고내용을 그대로 인정하여 양도소득세 000백만 원 부족징수

농업인 A는 2012.8.17. 농지 20,105㎡를 농업회사법인인 ○○유한회사에 현물출자한 후,「조세특례제한법」 제68조 제2항을 적용하여 양도소득세 면제신청을 하였다. 해당 농업회사법인은 농지를 현물출자받고 농지에 설정된 근저당 채무액을 자산가액에서 차감한 순자산가액에 상당하는 주식을 A에게 교부하였다. 관할지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사시「조세특례제한법」제68조 제2항에 따른 세액면제 대상인 양도소득금액을 양도가액에서 채무상당액을 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 전체 양도소득금액에 곱하여 산정한 가액으로 보아 쟁점채무에 상당하는 양도소득금액에 대하여는 세액면제를 배제하여 과세하도록 처분청에 지시하였고, 관할 세무서는 2015.5.20. 2012년 귀속 양도소득세 를 경정ㆍ고지하였다. A는 이에 불복하여 2015.6.29. 심판청구를 제기하였다.

「조세특례제한법」 제68조 제2항에 “농업인이 농지 또는 초지를 「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다.”고 규정하면서, 같은 법 제66조 제5항부터 제8항까지를 준용하고 있는바, 그 주요 내용은, 농업인이 농지 또는 초지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서 양도소득세를 면제하되, 사후관리기간으로 3년을 설정하고 있고, 사후관리 위반시 이자 상당액을 추징하며, 농업인이 영농조합법인에 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있고(제3항), 조세특례를 적용받기 위해서는 신청을 하여야 한다(제5항)는 것인데, 처분청이 과세근거로 제시한 같은 법 제32조는 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세이며, 제2항의 순자산가액 계산은 설립되는 법인의 자본금 요건에 관한 것이고 이월과세되는 양도소득세는 채무와 무관한 전체 양도소득금액에 대한 세액이므로 이를 이 건에 적용하기는 어려운 점, 청구인이 농업인이며 현물출자 대상이 농지이고, 쟁점법인이 「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 농업회사법인인 점, 같은 법 제68조에 채무를 차감하여 양도소득세를 계산한다는 규정이 없는 점, 농어촌지역에 생산인력 부족현상이 심화되고 있는 문제점을 보완하고 협업적ㆍ기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립ㆍ육성을 적극 지원하려는 입법취지를 감안할 필요가 있는 점, 농업인이 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 면제요건은 적격 대상물인 농지의 현물출자이며 면제되는 세액은 양도가액에서 필요경비를 차감하여 계산하는 점 등에 비추어 이 건은 전체 양도소득금액에 대한 양도소득세가 면제된다고 봄이 타당하고, 처분청이 쟁점농지를 농업회사법인에게 현물출자함으로써 발생하는 양도소득세 면제세액을 양도가액에서 쟁점채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.