Ⅹ. 감면, 과세이연, 이월과세
11. 현물출자 부동산 양도소득세 세액감면 결정 잘못
농업회사법인에 농지 현물출자에 따른 세액감면은 ‘재촌·자경한 농지’에 한하는 것이나 세액감면 요건이 충족되지 않은 임대용 토지·건물에 대하여 양도소득세 전액 감면한 잘못
법령 및 규정
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- 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제3조 제2호에 따른 농업인 으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 “농지등”이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따른 행정시를 포함한다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30㎞ 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자가 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는「초지법」제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하 “초지”라 한다)를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
농업인의 기준(농업·농촌 및 식품산업기본법시행령 제3조)
① 농업인이란 다음 중 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.
1. 1천제곱미터 이상의 농지(「농어촌정비법」 제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람
2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람
3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람
4. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람
5. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람
지적 내용
- 임대용 부동산을 ㈜농업회사법인에 현물출자한 후 양도소득세 000백만 원을 ｢조세특례제한법｣ 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)를 적용하여 감면 신고하였으나, 항공사진상 농지가 아닌 물류창고로 사용 중인 것으로 나타나고 현물출자 토지·건물은 농지가 아닌 보관창고(임대)로 사용 중인 것으로 확인됨에도 과세자료 검토 소홀로 양도소득세 000백만 원 부족징수
유사 감사지적사례
- 임대용 부동산을 ㈜농업회사법인●●에 현물출자한 후 양도소득세 000백만 원을 조특법 제68조의 ‘농업회사법인의 현물출자에 따른 세액면제’를 적용하여 신고하였으나, 조특법 제68조는 재촌자경한 농지를 농업회사법인에 현물출자한 경우에 양도소득세를 전액 면제하도록 규정되어 있으며 항공사진상 농지가 아닌 물류창고로 사용 중인 것으로 나타나 감사당시 현장 확인한 바 현물출자 토지·건물은 농지가 아닌 보관창고로 사용 중인 것으로 확인됨에도 과세자료 검토 소홀로 기결정 과세제외 처리하여 양도소득세 000백만 원 부족징수