Ⅹ. 감면, 과세이연, 이월과세

• 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세는 기업의 사업장별로 그 사업에 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성을 유지하여야 함에도 개인사업자로 영위하던 제조업과 부동산임대업 중 중소기업 통합이후 제조업만을 영위한 사실이 국세통합시스템에 의해 확인됨에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 양도소득세 000백만 원 부족징수

소비성서비스업((소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용고정자산(사업에 직접 사용하는 유형자산과 무형자산을 말하되, 1981.1.1. 이후 취득한 부동산으로서 업무무관자산은 제외한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하“통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우로서 다음의 요건을 구비한 경우에는 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
1) 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것
2) 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

이월과세를 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 중 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1) 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우. 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조 제7항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

① 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우
② 통합법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의 2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우
③ 통합법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우
④ 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

2) 이월과세를 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우. 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

① 법 제31조 제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 “해당 내국인”이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
② 해당 내국인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
③ 해당 내국인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의 2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
④ 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
⑤ 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
⑥ 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의 6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

1) 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 농공단지 입주기업에 대한 감면에 따라 세액감면을 받는 내국인이 감면기간이 지나기 전에 통합을 하는 경우 통합법인은 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지 및「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의 23 제1항에 따른 지방중소기업 특별지원지역(이하 “지방중소기업 특별지원지역”이라 한다)의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용 재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다.
2) 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 농업회사법인이 감면기간이 지나기 전에 통합을 하는 경우 통합법인은 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다