Ⅹ. 감면, 과세이연, 이월과세

• 비영리 내국법인으로 승인받은 종중이 부동산 양도소득에 대하여 ｢조세특례제한법｣제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면)규정을 적용하여 8년 자경 감면신고 하였으나 비영리 내국법인의 부동산 양도소득은 ｢소득세법｣제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 소득세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로납부하여야 하므로 8년 자경 감면적용 불가하나 검토 소홀로 감면 결정하여 양도소득세 000백만 원 부족징수

① 자경농지로서 양도소득세 감면대상에 해당하기 위하여는 양도자가 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 직접 경작한 사실이 인정되어야 하고, ‘직접 경작‘이라 함은 그 양도자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제69조 제1항과 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제66조 제12항의 문리적 해석, 직접 농업에 종사하는 자가 장기간 농업에 종사할 수 있도록 하여 농촌인구의 감소를 방지하고 농업을 육성하고자 하는 입법 취지 등을 고려해 볼 때, 원고와 같은 종중의 경우에는 단체로서 자기의 노동력으로 경작할 수는 없으므로 종중의 책임과 계산 아래 종중원이 농지를 경작하는 경우에는 직접 경작으로 볼 수 있으나, 영농비용 등에 대한 종중의 책임과 계산 없이 단순히 대리경작, 위탁경작을 한 경우는 직접 경작에 해당한다고 볼 수 없다(서울행정법원2014구단15651, 2015.6.5.).

* 서울고등법원은 1심과 같이 판결하였으며, 대법원은 심리불속행으로 판결함(서울고등법원2015누48107, 2016.4.20., 대법원-2016-두-38754, 2016.7.14.)

② 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 때 종중 소유의 농지를 종중의 책임 아래 종중 구성원이 8년 이상 해당 농지의 소재지에서 거주하면서 경작한 사실이 있는 경우에는 8년 자경 농지로 보는 것이나, 종중 구성원이 자신의 책임 아래 농지를 경작하고 종중과의 약정에 따라 경작에 따른 대가를 종중에 지불하는 경우에는 대리경작으로 보아 8년 자경농지에 해당하지 아니하는 것임(부동산납세-227, 2014.4.3.)

A종중은 2014.1.10. 임야 151,835㎡를 관광리조트조성사업 시행자인 B(주)에 양도하고 2014.3.31. 2014년 귀속 양도소득세를 예정신고・납부한 후 2014.9.3. 관할 세무서로부터 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았다. A중중은 2014.3.31. 신고・납부한 양도소득세에 대하여, 토지의 처분손익은 법인으로 승인받은 법인에 귀속되었고, 해당 토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용하였으므로 토지의 양도소득은 법인세 과세소득이 아니므로 종중이 1거주자로 신고・납부한 양도소득세는 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였다. 관할 세무서는 2015.1.30. 중중이 그 토지를 양도할 당시 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전으로 「소득세법」상 1거주자로서 양도소득세 신고・납부 의무가 있으므로, 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 지위에서 한 양도소득세 환급신청은 부적법하다고 보아 경정청구 거부처분을 하였다. A종중은 이에 불복하여 2015. 4. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되자 행정소송을 제기하였다

종중이 법인으로 보는 단체 승인 전에 토지를 양도한 경우 당해 양도소득을 승인 후 최초사업연도 기간의 법인의 손익으로 볼 수 있는지 여부

법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목은 ‘법인으로 보는 단체’의 최초사업연도 개시일은 납세지 관할세무서장의 승인일이라고 규정하고, 한편 위 시행령 제3조 제2항은 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있다. 위 시행령 제3조 제2항은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 설립준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위하여 규정된 것이다.
원고의 최초사업연도 개시일은 원칙적으로 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 2014. 9. 3.이지만 그 전인 2014. 1. 10.에 생긴 손익이 사실상 원고에 귀속되었고, 특별히 조세포탈의 우려가 있다고 볼만한 사정이 없으며, 2014. 1. 10.을 최초사업연도 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않으므로, 원고의 최초사업연도의 개시일은 이 사건 부동산의 보상금 수령일인 2014. 1. 10.이 된다. 따라서 이 사건 부동산 양도이익에 대하여는 소득세법이 아니라 법인세법이 적용되어야 한다. 이에 대하여 피고는 위 시행령 제3조 제2항이 규정하는 ‘최초사업연도 개시일의 기준이 되는 손익’이란 ‘최초 사업연도 개시일 전에 조세채무가 확정되지 않은 손익‘으로 제한적으로 해석하여야 하고 그렇게 해석하지 않으면 조세채무 확정이라는 개념이 무의미해진다고 주장하며, 원고가 이 사건 부동산 양도에 대한 양도소득세를 예정신고한 2014. 3. 26. 당시 원고의 양도소득세 납세의무가 확정되었으므로 위 조항이 적용될 수 없다고 주장한다. 살피건대, ① 법문상 법인으로 보는 단체의 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있기 위해서 ’조세포탈의 우려가 없을 것‘과 ’최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않을 것‘이라는 제한을 두는 것 이외에 다른 요건을 요구하고 있지 않은 점, ② 조세채무가 확정되었다고 하여 불가쟁력·불가변력을 가지는 것은 아니고 납세의무가 확정된 이후에도 납세의무자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구 또는 조세쟁송을 제기할 수 있는 점 등을 종합하면, 위 규정을 피고의 주장과 같이 축소 해석할 합리적인 근거를 찾아볼 수 없으므로 피고의 위 주장은 이유 없다.
따라서 이 사건 부동산 양도에 대하여 법인세법을 적용하지 아니하고 소득세법을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

서울고등법원의 판결은 서울행정법원의 판결을 대부분 그대로 수용함

심리불속행

이 사건은 대구지방법원에서 국가가 패소하였으나, 국가가 항소를 포기하여 사건이 종결되었다.

① 국세기본법 제13조에 따라 법인으로 보는 단체(이하 ‘단체’)로 승인받은 종중이 단체로 승인받기 전에 부동산을 양도하고 1거주자로 양도소득세를 신고・납부한 경우로서 해당 양도손익을 구성원에게 분배하지 아니하고 사실상 단체에 귀속시킨 것이 확인되며, 조세포탈의 우려가 없는 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 해당 양도손익을 단체의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있는 것임. 다만 양도손익의 사실상 단체 귀속 및 조세포탈 우려 여부는 양도대금의 실제 사용내역, 단체 승인전・후 실체 동일 여부 등에 따라 사실판단할 사항임[서면2016 법령해석법인-3484, 2016.7.11., 서면-2016-법인-6018 [법인세과-807], 2017.3.28.).
② 법인세법시행령 제2조 제2항을 적용함에 있어 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인 받은 법인격 없는 단체가' 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용' 하였는지 여부를 판단함에 있어 법인격 없는 단체가 법인으로 승인 받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하는 것임(서면2팀-2152, 2006.10.25.).