Ⅵ. 종합소득세액 계산

• 성실신고확인대상 사업자가 종합소득세 과세표준 및 세액을 추계로 계산하여 2012.6.30. 신고하면서 성실신고확인서를 제출하지 않았음에도 중소기업에 대한 특별세액 감면 적용하였으나 그대로 두어 소득세 부족징수

이 사건의 경우 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 신고 당시 성실신고확인서를 제출하지 않은 이상 신고기간은 그 과세기간 다음 연도인 2013. 5. 1.부터 2013. 5. 31.까지이어서 이 사건 신고는 기한 후 신고에 해당하고 구조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만 한다) 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면이 배제되어야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

① 소득세법 제70조 제1항은 거주자는 종합소득 과세표준을 과세기간의 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 관할 세무서장에게 신고하도록 규정하고, 같은 법 제70조의2 제2항은 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 같은 법 제70조 제1항에도 불구하고 종합소득과세표준 확정신고를 과세기간의 다음 연도 5. 1.부터 6. 30.까지 하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 성실신고확인서를 제출하지 않는 경우에 대해서까지 같은 법 제70조 제1항 적용이 배제된다고 규정하고 있지 않다. 따라서 성실신고확인서를 제출하지 않는 경우 신고기한은 소득세법 제70조 제1항에 따라 과세기간의 다음 연도 5. 31.까지라고 보아야 한다.
② 소득세법 제81조 제13항은 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하지 아니한 경우에 대하여 가산세를 규정하고 있는 조항으로서 기한 내 신고 여부를 요건으로 삼지 않는 반면, 구 조세특례제한법 제128조 제2항은 기한 후 신고를 하는 경우를 감면배제 요건으로 삼고 있어 적용대상과 요건이 달라 성실신고확인서 미제출에 대하여 이중으로 불이익을 주는 것이라고 볼 수 없다.
③ 국세청 홈페이지의 성실신고확인제 안내 자료에 성실신고확인대상자의 종합소득세 확정신고 기간이 ‘5. 1. ~ 6. 30.’로 안내되어 있으나, 동시에 성실신고확인대상사업자는 종합소득세 확정신고를 할 때 성실신고확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며 이 경우 종합소득세 확정신고는 ‘5. 1. ~ 6. 30.‘까지로 한다는 취지도 함께 안내되어 있고, 종합소득세 신고납부기한 안내 자료에 성실신고확인대상사업자는 다음 연도 ’5. 1. ~ 6. 30.‘이라고 안내되어 있으나, 동시에 제출대상서류로 성실신고확인서를 제출하도록 안내되어 있다. 위와 같은 안내 자료의 내용상 피고를 비롯한 과세관청에서 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하지 않는 경우에도 신고기한이 과세기간 다음 연도 ’5. 1. ~ 6. 30.‘이라는 취지의 공적인 견해표명 등을 하였다고 볼 수도 없다.
④ 원고도 이 사건 신고 당시 종합소득세 등 과세표준확정신고 및 납부계산서의 ‘신고구분’란에 ‘기한 후 신고’를 한다고 기재하였고, 동시에 성실신고확인서 미제출에 따른 가산세를 신고ㆍ납부하였는바, 성실신고확인제도 및 성실신고확인서 미제출에 따른 신고기한 문제를 알고 있었던 것으로 보인다.