Ⅵ. 종합소득세액 계산

• 성실신고확인대상 사업자의 종합소득세를 경정하거나, 수정신고서를 검토하면서 과소신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우 포함)된 사업소득금액의 10% 이상인 경우 공제받은 세액 전액을 추징하여야 하나 이를 누락하여 종합소득세 00백만원 부족 징수

1) 사건의 개요
청구인은 ○○○에서 ‘○○○’이라는 상호로 보건업을 영위하는 개인사업자로, 2012년 및 2013년 귀속 종합소득세 신고시 성실신고 확인비용 세액공제액 OOO원을 각 공제하였다. 처분청은 ○○○ 기간 동안 청구인에 대한 세무조사를 실시한 후, 청구인이 ○○○ 구입한 사업용 고정자산(의료기기 OOO원, 이하 “쟁점자산”이라 한다)을 감가상각자산으로 처리하지 아니하고 전액 당기비용으로 처리하였음을 확인하여 즉시상각 의제 등을 적용하여 필요경비를 재계산하고, 성실신고확인비용 세액공제액을 부인하여 ○○○ 청구인에게 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하고 2013년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 ○○○ 이의신청을 거쳐 ○○○ 심판청구를 제기하였다.

2) 심판결정
청구인은 세무사 사무소 직원의 단순 기장실수로 인해 쟁점자산을 필요경비로 잘못 계상한 점 등을 고려하였을 때 성실신고확인비용 세액공제를 배제한 처분은 부당하다고 주장하나,「조세특례제한법」 제126조의6에서 과소 신고한 사업소득금액이 경정된 사업소득금액의 100분의 10 이상인 경우에는 성실신고 확인비용 세액공제 규정에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징하는 것으로 규정하고 있고, 청구인의 경우 쟁점자산을 전액 비용처리하여 2012년 귀속 사업소득금액 OOO원이 과소신고되었으며 그 비중이 경정된 사업소득금액(○○○원) 대비 ○○○인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

• 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 받은 사업자의 소득세 사후검증 시 가공경비 등 계상 혐의에 대해 해명요구 한 바, 가공경비 계상액에 대해서는 적정하게 수정신고 납부하였으나 수정신고 소득금액이 당초 신고 소득금액 보다 10%이상에 해당하는데도 세액공제액 추징을 누락하였고,추징일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 받지 않도록 사후관리 하여야 하나 이를 미이행