Ⅱ. 사업소득

• 석유판매업자가 유류를 정유사 대리점으로부터 당초 과세분으로 공급받고 농·어민에게 공급한 후 당초 부담한 교통세 등을 환급받는 경우에는 교통세 등을 소득세 또는 법인세 신고 시 매입원가에서 차감하여야 함에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여소득세 00백만원 부족징수

1) 사건의 개요

거주자 A와 B는 면세유 등의 유류도소매업을 영위하는 공동사업자로서 환급받은 교통ㆍ에너지ㆍ환경ㆍ교육ㆍ주행세 등( 이하 “쟁점환급금”이라 한다)을 사업소득 총수입금액에 산입하지 않고 소득세를 신고하였다. 감사원의 부산지방국세청 감사지적에 따라 관할 세무서는 쟁점 환급금을 사업소득의 총수입금액에 산입하여 수정신고하라고 통보하였다.
거주자 A와 B는 쟁점 환급금을 사업소득 총수입금액에 포함하여 신고한 후 관할 세무서에 쟁점 환급금을 총수입금액에서 제외시켜 달라는 경정청구를 하였으나, 관할 세무저는 쟁점 환급금을 필요경비에서 차감하여야 하는데 이를 차감하지 않았다는 이유로 경정불가처분을 하였다. 거주자 A와 B는 이러한 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 기각되자 행정소송을 제기하였다.

2) 사건의 진행

1심	2심	3심	4심	5심
창원지법2014구 합357, 2014.7.25	부산고법(창원)2 014누11178, 2015.6.10	대법2015두460 24, 2015.10.29	부산고법(창원)2 015누11823, 2016.4.7	대법2016두37 539, 2016.6.23. (심리불속행)
국승	국패	국승	국승	국승

※ 대법원은 2심 판결을 파기하고 사전을 고등법원에 환송하였고, 고등법원은 대법원의 판결에 따라 판결하였고, 대법원은 심리불속행으로 판결함

3) 대법원 판례(대법2015두46024, 2015.10.29.)

① 소득세법 제19조 제2항은 사업소득금액을 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제26조 제10항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 “조세특례제한법 제106조의 2 제2항에 따라 석유판매업자가 환급받은 세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제106조의 2 제2항은 석유판매업자가 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세(이하 ‘개별소비세 등’이라 한다)가 과세된 석유류를 공급받아 농어민 등에게 공급한 석유류가 농어민 등이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 개별소비세 등 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있도록 규정하고 있다. 따라서 석유판매업자가 농어민 등에게 개별소비세 등을 더하지 아니한 면세가격으로 조특법 제106조의 2에서 정한 면세유를 판매하는 경우 총수입금액에 개별소비세 등 금액이 포함될 수 없음은 분명하다. 그런데 필요경비는 총수입금액을 얻기 위하여 사용하거나 소비한 비용을 의미하는 것인바, 판매시점에 이미 개별소비세 등의 환급이 예정되어 있고 이후 석유판매업자가 세무서로부터 개별소비세 등 금액을 환급받더라도 그 환급세액이 총수입금액에 산입되지 아니하므로, 당초 석유판매업자가 정유회사 등으로부터 석유류를 구입할 때 지출한 개별소비세 등 금액은 총수입금액을 얻기 위하여 사용하거나 소비한 비용이라고 할 수 없다. 그리고 조특법 제106조의 2 제2항과 이 사건 조항이 석유판매업자로 하여금 개별소비세 등을 환급받을 수 있도록 하면서 그 환급세액을 총수입금액에 산입하지 아니하도록 한 것은 농어민 등에게 석유류를 면세가격으로 공급하기 위한 것이지 석유판매업자에게 별도로 조세혜택을 부여하기 위한 것이 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 석유판매업자가 농어민 등에게 석유류를 면세가격으로 판매한 다음 조특법 제106조의 2 제2항에 따라 개별소비세 등을 환급받고 이 사건 조항에 따라 개별소비세 등을 환급받고 이 사건 조항에 따라 그 환급세액을 총수입금액에 산입하지 아니한 경우에는 개별소비세 등 금액을 필요경비에 산입할 수 없다고 할 것이다.

② 원고들은 2010년과 2011년에 면세유를 판매한 후 조특법 제106조의 2 제2항에 따라 개별소비세 등 합계 261,590,390원(2010년 163,051,790원, 2001년 98,538,600원, 이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)을 환급받았는데, 석유제조업자로부터 면세유 등을 매입할 때 부담하였던 이 사건 환급급에 해당하는 개별소비세 등(이하 ‘이 사건 개별소비세 등’이라 한다)을 매출원가에 포함하여 이를 필요경비에 산입하는 한편, 이 사건 환급급을 총수입금액에 산입하지 아니하고 종합소득세를 신고하였다.

③ 원고들이 면세유를 판매하고 조특법 제106조의 2 제2항에 따라 환급받은 이 사건 환급금은 이 사건 조항에 따라 총수입금액에 산입하지 아니하는 것이므로, 그에 상응하는 이 사건 개별소비세 등을 필요경비로 하여 총수입금액에서 또다시 공제받을 수는 없다고 할 것이다.