수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서란 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정사유가 발생한 경우에 당초 기재내용을 수정하여 발급하는 세금계산서 또는 전자세금계산서를 말한다(부법 32조 7항). 종이세금계산서를 잘못 발급한 후 신고 전에 수정사유가 발견된 경우 수정세금계산서를 발급해야 하나, 대부분의 경우 이미 발급된 종이세금계산서를 양자 간의 약속에 의해 폐기처분하고 정확한 세금계산서를 다시 발급하는 관행이 존재하였다. 그러나 전자세금계산서를 발급·전송한 경우에는 이를 삭제·폐기·정정할 수 없으므로 반드시 세법에 맞는 수정전자세금계산서를 발급해야 한다(국세청 e세로 자료).
수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 당초 세금계산서 또는 전자세금계산서를 공급시기에 적법하게 발급한 경우에 발급할 수 있으므로 당초 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하지 않은 경우에는 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급할 수 없다.