• ① 공급자 보관용 세금계산서를 분실한 경우에는 기장 및 모든 증빙에 의하여 공급자 보관용 세금계산서를 사본으로 작성하여 보관하여야 한다.
• ② 공급받는 자 보관용 세금계산서를 분실한 경우에는 공급자가 확인한 사본을 발급받아 보관하여야 한다.

• ① 사업자가 수입원재료를 사용하여 제조 또는 가공한 재화를 내국신용장에 의하여 수출업자에게 공급하고 수출업자로부터 해당 수입원재료에 대한 관세환급금을 받는 경우 해당 관세환급금은 대가의 일부로서 영세율 과세표준에 산입되므로 세금계산서를 발급하여야 한다.
• ② 내국신용장에 의한 재화의 공급시 공급대가에 포함된 관세환급금 상당액이 나중에 수출업자가 세관장으로부터 환급받은 관세환급금과 같지 아니하여 그 차액을 정산하는 경우에는 해당 금액이 확정되는 때에 수정세금계산서를 발급한다.

사업자가 사업을 폐지할 때 폐업 시 잔존재화로 과세된 재화를 실제로 처분하는 때에는 세금계산서를 발급할 수 없고 일반영수증을 발급하여야 한다. 다만, 휴업하는 사업자의 경우에는 전력비ㆍ난방비ㆍ사용하지 아니하는 재산 처분 등 사업장 유지관리 등에 따른 세금계산서는 발급받거나 발급할 수 있다.