사업자가 전자세금계산서, 월합계전자세금계산서와 수정전자세금계산서를 발급한 경우에는 발급일의 다음 날까지 국세청에 전송하여야 한다(부법 32조 3항, 부령 68조 6항).
전자세금계산서는 공급받는 자의 이메일계정으로 수신하는 것이 원칙이나, 공급받는 자가 전자세금계산서를 발급받을 수신함을 가지고 있지 아니하거나 지정하지 아니한 경우 또는 전자세금계산서 발급이 가능한 현금영수증 발급장치 및 그 밖에 전자세금계산서 발급시스템과 같이 수신함이 적용될 수 없는 시스템을 사용하는 경우에는 국세청장이 구축한 전자세금계산서 발급시스템(홈택스)을 수신함으로 지정한 것으로 본다.
전자세금계산서가 재화나 용역을 공급받는 자가 지정하는 수신함에 입력되거나 전자세금계산서 발급 시스템에 입력된 때에 거래상대방의 수신 여부에 불구하고 재화나 용역을 공급받는 자가 그 전자세금계산서를 수신한 것으로 본다.
전자세금계산서를 발급하거나 발급받고 전자세금계산서 발급명세를 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(예정신고의 경우에는 예정신고기간) 마지막 날의 다음 달 11일까지 국세청장에게 전송한 경우에는 해당 예정신고 또는 확정신고(예정신고를 하지 않은 개인사업자는 해당 과세기간의 확정신고) 시 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니할 수 있다(부법 54조 2항).