세금계산서란 거래징수의무자인 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에 그에 대한 부가가치세를 거래상대방으로부터 징수한 사실을 증명하기 위하여 발급하는 계산서를 말한다.
세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(부가가치세법 제50조의 2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때 포함)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서를 수입하는 자에게 발급하여야 한다(부법 35조 1항). 수입세금계산서는 부가가치세법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 부가가치세법 제50조의 2 제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다(부령 72조 1항).