1. 지출의 입증책임

(1) 국세기본법상 장부와 증거서류의 비치와 보관의무

① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. 장부와 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 보관하여야 한다(국기법 85조의3 2항).

② 납세자는 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 법 소정 기준에 따라 자기테이프, 디스켓 또는 그 밖의 정보보존 장치에 보존하여야 한다. 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제5조 제2항에 따른 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관한 경우에는 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 본다. 다만, 계약서 등 위조ㆍ변조하기 쉬운 장부 및 증거서류로서 다음에 정하는 것은 그러하지 아니하다 (국기법 85조의3 3항·4항, 국기령 65조의7 3항).

<이월결손금 공제시 증명서류 보관 기간 사례>

예를 들어, 법인이 2010년에 발생한 이월결손금을 2017년의 과세표준 계산상 공제를 받은 경우 2010년도의 장부 및 증명서류는 이월결손금을 공제한 사업연도의 신고기한부터 1년이 되는 2019.3.31.까지 보관하여야 한다.

(2) 법인세법상 지출증명서류의 수취 및 보관

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 법인세 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다(법법 116조 1항).

② 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 따라 이를 해당 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위 내의 비용과 해당 법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위 내의 지출은 그러하지 아니한다(법집 4-0-3).

(3) 부가가치세법상 장부의 작성·보관

1) 장부의 작성·보관

• ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 장부에 기록하여 사업장에 갖추어 두어야 한다(부법 71조 1항). 또한 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제42조[면세농산물등 의제매입세액 공제특례] 제1항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다(부법 71조 2항). 장부에 기록하여야할 거래사실은 다음의 것으로 한다(부령 117조 1항).
  
  ㈎ 공급한 자와 공급받은 자
  ㈏ 공급한 품목과 공급받은 품목
  ㈐ 공급가액과 공급받은 가액
  ㈑ 매출세액과 매입세액
  ㈒ 공급한 시기와 공급받은 시기
  ㈓ 그 밖의 참고 사항
• ② 사업자는 자기의 부가가치세 납부세액 또는 환급세액과 관련된 모든 사실을 기록한 장부와 발급하거나 발급받은 세금계산서, 수입세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 후 5년간 보존하여야 한다(부법 71조 1항). 다만, 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다(부법 71조 3항). 이 경우 장부, 세금계산서 또는 영수증을 정보처리장치, 전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보존할 수 있다(부령 117조 4항).
• ③ 사업자가 「법인세법」 제112조 및 「소득세법」 제160조에 따라 장부기록의무를 이행한 경우에는 제1항에 따른 장부기록의무를 이행한 것으로 본다(부법 71조 4항).

2) 부가가치세 면세 농물진료용역을 공급하는 사업자에 대한 장부 특례

부가가치세가 면세되는 동물진료용역을 공급하는 사업자는 부가가치세법 시행규칙 별지 제47호 서식의 매출대장을 작성하여 사업장에 갖추어 두어야 한다. 이 경우 매출대장을 정보처리장치, 전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 작성할 수 있다(부령 117조 5항) 다만, 매출분이 많아 별지 제47호서식(1)에 모두 적을 수 없는 경우에는 매출분을 별지 제47호서식(2)에 연속하여 적을 수 있다(부칙 76조).

3) 간이과세자의 장부의 작성·보관 특례

• ① 간이과세자는 공급가액과 부가가치세액을 합계한 공급대가를 장부에 기록할 수 있다(부령 117조 2항).
• ② 간이과세자가 법 제32조 및 제36조에 따라 발급받았거나 발급한 세금계산서 또는 영수증을 보관하였을 때에는 법 제71조에 따른 장부기록의무를 이행한 것으로 본다.