1. 국세부과제척기간의 만료

앞의 국세부과제척기간에 관한 규정에 불구하고 다음의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다(국기법 26조의2 2항).

• ① 「국세기본법」에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
  이 규정은 해당 판결 등에 의하여 대상처분이 변동되는 내용에 따라 감액경정하거나 그 처분이 단순히 절차상의 위법사유로 인하여 취소되는 경우에 그 하자를 치유하여 동일한 내용의 처분을 다시 할 수 있는 정도를 의미할 뿐이고, 쟁송과정 중에 과세표준의 증액사유를 발견하였다고 하더라도 이미 부과권의 제척기간이 만료된 이상 당해 판결 등의 내용과는 달리 새로운 처분을 하거나 증액경정처분을 할 수는 없다.
• ② ①의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: ①의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
  

  <입법취지>

  어떤 변호사가 동작세무서장을 상대로, 의뢰인으로부터 받은 이 사건 금원을 2000년에 발생한 사업소득으로 본 것은 부당하다고 주장하면서 2000년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다. 서울행정법원은 이 사건 금원은 변호사 선임료인 착수금 명목으로 지급된 것이지만, 그에 대한 원고의 용역제공이 2000년도에 완료되었다고 볼 수는 없다는 이유로 당초 처분을 취소하는 판결을 하였다. 이에 동작세무서장은 이를 2002년에 발생한 사업소득으로 보아 2002년 귀속 종합소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였으나, 대법원은, 그 처분은 그 부과제척기간인 5년이 경과한 후에 이루어진 것으로서 위법하고, 이에 대하여는 국세부과제척기간의 특례규정이 적용되지 않는다고 판결하였다(대법2012두6636, 2012.10.11.).
  
  이에 따라 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우에는 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년까지는 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있도록 2016년말에 국세기본법을 개정하였다.
• ③ 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다) 에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우: 상호합의 절차의 종료일부터 1년
• ④ 국세기본법에 따른 통상적인 경정청구 및 후발적사유로 인한 경정청구 또는 「국제조세조정에 관한 법률」에 따른 경정청구 또는 같은 법에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월
• ⑤ 위 ④의 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: ④에 의한 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월(2017.12.19. 신설)
• ⑥ 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 (2017. 12. 19. 신설)
  

  <입법취지>

  종전에는 납세자가 경정청구를 하는 경우 그에 따른 결정 또는 경정으로 인하여 국세부과제척기간 경과 후 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간에 대한 과세표준 및 세액을 조정할 필요성이 있는 경우 납세자는 후발적 경정청구를 통해 이를 바로 잡을 수 있으나, 과세관청은 이와 관련한 제척기간 특례가 규정되어 있지 않아 이를 바로 잡을 수 없었다. 그리고 최초 과세처분의 근거가 된 보상금․퇴직금 등이 국세부과제척기간 이 지난 후 민사소송 등에 따라 다른 것으로 확정된 경우에도, 납세자는 후발적 경정청구에 의해 이를 바로 잡을 수 있는 반면, 과세관청은 이와 관련한 제척기간 특례 규정이 없어서 바로 잡을 수 없는 문제가 있었다. 이에 따라 2017.12.19. 국세기본법을 개정하여 이러한 문제점을 해소하기 위한 규정을 신설하였다.

위법판결에 따라 종전 처분의 잘못을 바로 잡아 한 과세처분의 적법성 여부

□ 위법판결에 따라 종전 처분의 잘못을 바로 잡아 한 과세처분의 적법성 여부

국세기본법 제26조의2 제2항은 과세처분에 대한 행정심판청구나 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 절차가 진행되는 도중에 제척기간이 경과하여 버리는 불합리를 방지하기 위한 규정으로서, 과세권자는 심사 등의 결정 또는 판결에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있고 법에 정해진 제척기간 내라도 그 판결 또는 결정에 따르지 않는 새로운 결정이나 증액경정결정을 할 수는 없지만 결정 또는 판결의 취지에 따른 것이라면 납세자에게 불리한 경정결정을 할 수도 있는 것이며, 세액의 계산명세서를 첨부하지 않는 등 납세고지상의 위법을 이유로 과세처분을 취소하는 판결이 선고·확정된 후 과세관청이 그 잘못을 바로잡아 다시 과세처분을 하였다면 이는 당해 판결에 따른 처분으로 제척기간은 적용될 여지가 없다. 청구인은, 마치 이 경우에도 과세관청이 종전의 결정이나 판결의 주문을 그대로 따라 과세처분을 취소하여야 하고 과세관청이 그 잘못을 바로잡아 다시 과세처분을 하는 것이 허용되지 않는다고 해석될 수 있다는 취지로 주장하지만, 이는 제2항의 입법취지를 염두에 두지 않은 독자적인 견해이다. 따라서, 제2항의 규정내용과 취지에 비추어 “당해 판결 또는 결정 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분”의 의미나 개념이 불명확하다

국세부과제척기간 특례상 필요한 처분의 범위(국기집 26의2-0-6)

□ 국세부과제척기간 특례상 필요한 처분의 범위(국기집 26의2-0-6)

• ① 당초부과된 납세의무자가 소송에 의해 사실과 다름이 확정된 경우로서 국세부과제척기간이 경과한 경우에는 변경된 납세의무자에게 새로이 부과할 수 없다(재조세22601-704. 1991.6.1.).
• ② 당초 양도소득세 과세에 대해 양도소득이 아니라 사업소득이라는 법원의 확정판결이 있는 경우 그 판결에 따라 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당초 양도소득세를 취소하고 당초 양도소득세의 부과세액을 한도로 하여 다시 종합소득세로 부과할 수 있다(재조세-1629, 2004.12.21.).
• ③ 구 국세기본법(1989. 12. 30. 법률 제4177호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제2항의 ‘판결’이란 그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결, 즉 조세부과처분이나 경정거부처분에 대한 취소판결 등을 의미하는 것이고, 원고의 청구를 기각하는 판결이나 소를 각하하는 판결은 여기에 해당하지 않는다(대법원2004두11459, 2005.2.25.).
• ④ 부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법(1993.12.31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제2항의 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라 할 것이고, 또한 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다(대법원 2003두1752, 2004.6.10.).