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3. 법인등기 중과세(법 §28)

1) 의의

대도시내 법인을 설립하거나 지점이나 분사무소¹⁾를 설치함에 따른 등기와 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기에 대하여는 등록세를 3배 중과세하는 것이다. 대도시 범위의 범위는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역을 말하며 과밀억제권역 중 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한법률의 적용을 받는 산업단지는 대도시지역내에서 제외한다.

1) [판례]

중과세요건인 사실상 지점요건과 인적설비 구비요건 판단(대법원 2007. 8. 24.결정, 2005두13469) 구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의2의 각 규정에 의하면, 등록세 중과세 요건인 대도시내에서의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점 또는 분사무소라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, 여기서 말하는 인적설비란 당해 법인의 지휘·감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취할 것을 요구하는 것은 아니다(대법원 1998. 4. 24. 선고 98두2737 판결 참조).원고가 2001. 8. 7. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 경료한 후 같은 달 29. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 한 원고지점 명의의 사업자등록을 마치고 부동산 임대사업을 수행함에 있어, 이 사건 부동산의 관리를 위해 설립된 삼일개발 주식회사(이하 ‘삼일개발’이라 한다)와 사이에 관리위탁계약을 체결하고 삼일개발로부터 건물청소·시설관리·경비 및 안전관리 등의 건물관리용역을 제공받고는 있으나, 삼일개발이 이 사건 부동산 소재지에 본점 사무실을 두고 있으면서 위와 같은 관리용역 이외에 원고의 한국지점장인 조00 명의로 임대료 및 관리비에 대한 세금계산서를 작성하여 임차인들에게 교부하고, 원고 명의의 예금통장과 인감 등을 보관하면서 위 조00의 승낙을 받아 그 통장에서 원고로부터 받을 위탁관리용역에 대한 수수료와 원고가 납부할 부가가치세 등 제세공과금을 인출하여 납부하여 왔을 뿐만 아니라 원고를 대리하여 이 사건 건물 1층에 관한 임대차계약을 체결하기도 하였으며, 삼일개발의 인력채용이나 충원 및 업무수행에 필요한 비용집행시 원고의 사전승낙을 받거나 사후보고를 하도록 되어 있고, 또한 위 조00이 국내에 체류하는 동안 삼일개발의 사무실 중 일부를 사용하여 업무를 처리하여 온 점 등을 종합하여 보면, 삼일개발은 비록 원고와 독립된 법인의 형태를 취하고는 있으나, 일반적인 건물관리용역을 수행하는 이외에 원고의 지휘·감독하에 원고의 부동산 임대사업과 관련된 업무를 수행하는 등 실질적으로는 원고의 지점으로서의 업무를 처리하여 왔으므로, 위 사업장을 원고의 지점으로 보고 이 사건 부동산등기가 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산등기에 해당한다고 보아 등록세를 중과세한 이 사건 처분은 적법하다

-인적설비는 종업원의 고용 형태 등을 감안하여 판단하여야 하는 것으로 당해 법인의 직속여부가 아니더라도 무관하나 당해 법인의 업무처리를 하였는지 여부로 판단하여야 함

2) 중과세 대상

다음에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 법인등기시의 등록면허세에 규정한 해당 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종( “대도시 중과제외업종”이라 함)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기
2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

(1) 법인설립 등기

대도시 중과 제외 업종으로 법인등기를 한 법인이 정당한 사유 없이 그 등기일부터 2년 이내에 대도시 중과 제외 업종 외의 업종으로 변경하거나 대도시 중과 제외 업종 외의 업종을 추가하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 중과세세율을 적용한다. 이 경우 법인등기중 기타등기의 경우에는 중과세를 적용하지 아니한다.

(2) 대도시내로의 전입등기

대도시외의 지역에서 대도시내로 전입하는 경우 법인등기 등록세 중과여부 관련하여 지방세법 제28조제1항제6호에서 대도시외에서 대도시내로의 법인 주사무소 전입에 따른 등기(전입 후 5년 이내에 출자액 증가 포함)에 대하여는 세율적용에 있어 전입을 법인의 설립으로 보아 법인설립 일반세율의 3배를 중과한다고 규정하고 있어서 영리법인이든 비영리법인이든 전부 적용되는 것이다.²⁾

2) [사례]

사립학교법인의 대도시내 전입시 등록세 중과세 적용(행안부 지방세운영과-1432, 2010. 4. 8)사립학교법인(사회복지법인)의 주사무소가 대도시외의 지역에서 대도시내로 전입하는 경우 법인등기 등록세 비과세 대상여부 관련하여 지방세법 제127조제1항제3호에서 사립학교법인(사회복지법인)의 법인설립과 합병등기에 대하여만 비과세한다고 규정하고 있고, 사립학교법인(사회복지법인)의 전입 등기 등에 대하여는 비과세한다는 규정이 없으므로 과세대상이 되며, 사립학교법인(사회복지법인)의 주사무소가 대도시외의 지역에서 대도시내로 전입하는 경우 법인등기 등록세 중과여부 관련하여 지방세법 제138조제1항제2호에서 대도시외에서 대도시내로의 법인 주사무소 전입에 따른 등기(전입 후 5년 이내에 출자액 증가 포함)에 대하여는 세율적용에 있어 전입을 법인의 설립으로 보아 법인설립 일반세율의 3배를 중과한다고 규정하고 있으나 등록세 비과세 규정에서는 법인이 대도시외에서 대도시내로 전입하는 경우 법인의 설립으로 보지 않고 있으므로 등록세 비과세 대상이 아닌 법인 설립 등기 3배 중과세 대상으로 판단되며, 아울러 조세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석 될 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 할 수 없으므로(대판2008두15350, ‘09.12.24 등 참조) 대도시외에서 대도시내로 주사무소를 전입하는 사립학교법인(사회복지법인)의 법인 등기 등록세는 비과세 대상이 아닌 법인설립 일반세율에 3배를 중과하여 과세함