2. 법인 등기시 등록면허세 납세의무와 세율 적용

법인등기는 비송사건절차법에 의거 등기를 하는 경우로서 등기의 형식에 따라 세율을 달리 적용하는 것이다. 비록 등기의 원인에 불구하고 법인등기의 형식이 설립등기인지, 증자등기인지에 따라 세율을 달리 적용하여야 하는 것이다. 여기서 비영리법인의 범위는 다음과 같다.

그 등록면허세 세율의 적용범위와 관련 하여 검토하면 다음과 같은 법리에 따라 기타등기(건당 40,200원)에 해당하는 등록면허세의 세율을 적용하여야 한다

첫째, 조세법의 특성상 등록면허세 운영 안정성 유지가 필요하다는 점이다. 조세법은 침해규범으로서 납세의무의 요건과 그 한계를 설정하는 것이므로 법적안정성이 강하게 요청되어 그 내용은 일의적으로 명확하게 규정되어야 하고(과세요건명확주의), 과세요건에 관한 해석이 문제되는 경우 문언에 따라 엄격하게 해석(문리해석주의)하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 아니한다(대판98두11731, ‘00.3.16 참조) 한편 세법규정이 모호하여 해석상 의심이 있는 경우에는 납세자에게 유리하게 해석하여야 하고, 조세법이 사용하는 개념은 다른 법 분야에서 사용되어 이미 확실한 의미내용을 부여받은 차용개념과 조세법이 독자적으로 사용하는 고유개념이 있을 수 있는바, 조세법이 명문으로 다른 법에서 사용되는 개념을 수정하는 내용의 규정을 두고 있지 않은 이상, 법적 안정성의 견지에서 조세법에서 사용된 개념은 다른 법에서 사용되는 개념과 동일하게 해석하는 것이 원칙이다(대판07두26629, ‘09.4.9. 등)

둘째, 실질과세 원칙 적용의 범위와 한계에 관한 점이다. 「국세기본법」제14조의 실질과세원칙은 거래형식이나 소득의 귀속을 단순한 명의나 형식이 아닌 법적 실질에 의하여 판단하겠다는 것으로서, 거래나 행위를 경제적으로 관찰하여 동일한 경제적 효과에 도달한 경우에 이를 조세법적으로 동일하게 평가하여 과세의 대상으로 삼겠다는 이른바 경제적 관찰방법을 규정한 것은 아니라고 할 것이다(대판00두963, ‘01.8.21 참조) 따라서, 만약 실질과세의 원칙에 의하여 법인등기(설립등기)행위를 그 법형식에도 불구하고 행위의 실질에 따라 그 행위의 효력을 부인하기 위해서는 조세법률주의 원칙상 해당 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것이므로(대판98두14082, ‘99.11.9. 참조) 그와 같은 규정이 존재하지 않는 경우 실질과세의 원칙을 이유로 법인등기를 새로운 법인설립행위로 보지 아니하고 기타등기로 볼 수는 있는 것이다.¹⁾

1) [사례]

1) [사례]

조직변경시 법인설립등기 등록면허세 세율 (행안부 도세-697, 2008. 4. 30)산업재해보상보험법에 의하여 설립된 재단법인 산재의료관리원이 관계법령의 개정에 따라 특수법인인 한국산재의료원으로 조직변경을 하면서 조직변경 전의 법인은 해산등기를 하고 조직변경 후의 법인은 설립등기를 이행하는 경우 법인이 해산 절차를 거치지 아니하고 법인격의 동질성을 유지하면서 단순한 명칭변경등기를 하는 것이 아니라 조직변경을 하여 법률상 다른 종류의 법인으로 설립등기를 이행하는 것이므로 법인설립등기에 따른 등록면허세율(지방세법제137조제1항)을 적용하는 것이 타당하고, 조직변경에 따른 설립등기를 마친 후에 산재의료원은 산재의료관리원의 모든 권리·의무 및 재산을 승계 받으면서 조직변경 전의 법인이 소유하고 있던 부동산을 조직변경 후의 법인명의로 등기하는 경우에는 새로운 취득에 해당되지 아니하여 취득세는 납세의무가 없다 할 것이나, 등록면허세는 등기형식이 소유권이전등기가 아니고 조직변경을 등기원인으로 등기명의인 표시변경등기가 이행되는 것이므로 지방세법 제131조제1항제8호(3,000원)의 세율을 적용하여 등록면허세를 납부하여야 할 것임

따라서 법인의 설립에 관한 민법과 상법의 각 규정에 의하면, 법인의 설립에는 기본적으로 설립행위와 설립등기가 필요하고, 법인은 설립행위를 거쳐 설립등기를 함으로써 성립함과 동시에 법인격을 취득하게 되어(민법 제33조, 상법 제171조 제1항, 제172조 등 참조) 그로써 법인의 설립은 완성되는 것이므로, 설립등기 없는 법인의 설립은 있을 수 없고, 일단 법인이 설립등기로써 성립된 이후에는 그 법인격이 소멸되지 않는 한 같은 설립등기에 의한 새로운 법인의 설립도 있을 수 없는 것이다. 위의 법리는 법인설립절차를 규율하는 기본법인 민법과 상법이 규정하는 바로서 법인설립에 관한 기본원칙이 되고 있고, 법인의 설립등기는 다른 법인등기 또는 상업등기와는 달리 창설적 효력을 가지며 그에 관한 규정은 강행규정인 점, 기타 관계 규정의 형식과 내용 등을 종합적으로 고려할 때, 지방세법에서 ‘법인의 설립’에 관하여 위와 같은 일반적인 법리와는 다른 별도의 정의 규정을 두고 있지 아니한 이상, 법 제28조 제1항 제6호 가목에서 규정하는 ‘법인의 설립’ 역시 ‘설립등기에 의한 설립’을 뜻하는 것으로 해석할 수가 없는 것이다.

따라서 설립등기를 마친 후 폐업을 하여 사업실적이 없는 상태에 있는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 법인의 임원, 자본, 상호, 목적사업 등을 변경하였다 하여 이를 위 조항이 규정하는 ‘법인의 설립’에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것이고, 그러한 행위가 등록면허세 등의 중과를 회피하기 위한 것으로서 이를 규제할 필요가 있다 하더라도 그와 같은 행위의 효력을 부인하는 개별적이고 구체적인 법률 규정을 두고 있지 않은 조세법하에서 그 행위가 위 조항의 ‘법인의 설립’에 해당한다고 보아 등록면허세를 중과하는 것은 조세 법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것으로서 허용될 수 없다 할 것이다.(대법원 2007두26629, 2009. 4. 9 참조)

그리고 민법의 규정에 의하여 설립된 사단법인을 해산 절차를 거치지 아니하고 법인격의 동질성을 유지하면서 사업단체로 변경 등기하는 경우, 사업자 단체의 변경등기에 대하여는 기타등기의 세율(매1건당 40,200원)을 적용하는 것이고 자본증가등기로 인하여 발행주식의 총수, 그 종류와 각종 주식의 내용과 수, 자본총액의 증가 등이 변경 또는 말소되는 경우에는 증자가액에 대한 1,000분의 4의 세율을 적용한 등록면허세가 과세되며, 이 경우 자본변경 등에 대하여는 지방세법 제137조 제1항 제6호의 세율을 적용하지 아니한다. 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금이외의 출자금액이라 함은 법인등기부상 자본금란의 자본금 또는 그 증가액을 말한다.¹⁾ 그 밖의 등기로서 같은 사항을 본점과 지점 또는 주사무소와 분사무소에서 등기하여야 하는 경우에는 각각 한 건으로 본다.³⁾

2) [사례]

2) [사례]

비영리법인의 설립등기의 과표적용(행자부 세정-2656, 2007. 7. 10) 대도시외의 지역에 소재한 비영리법인이 대도시내로 전입하는 경우 전입일을 새로운 법인의 설립일로 보고 그 설립등기에 대한 세율에 중과세율을 적용하는 것이며, 이때 등록면허세의 과세표준은 당해 법인등기부등본상에 재산가액으로 표기된 자산총액이 되는 것임 - 지방세법상 불입되는 자산총액으로 표기되어 있으나 등기부상에는 재 산가액으로 되어 규정되어 있어 그 기준이 필요함.

3) [사례]

3) [사례]

매1건과 법인이전등기시의 적용세율(행자부 세정 13407-1270, 2000. 11. 4) 법인이 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우 다른 등기소의 관할구역내로 이전하는 경우에는 지방세법시행령 제100조 제1항의 규정에 의거 본점 또는 주사무소의 신소재지에서는 지방세법 제137조 제1항 제4호, 구소재지에서는 동법 제137조 제1항 제6호를 적용하여 등록면허세를 납부하며, 동일 등기소 관내에서 본점 또는 주사무소 이전의 경우에는 지방세법 제137조 제1항 제4호의 규정에 의한 등록면허세를 납부하게 됨