과점주주에 대한 과세는 주식을 취득함으로써 주식발행법인의 보유자산을 취득한 것으로
보는 것이나, 비과세․감면할 경우에도 과점주주에 대하여도 적용 여부를 검토하면, 비과세․
감면의 판단기준은 ｢누구｣를 기준으로 판단할 것인가?
① 견해는 납세의무자인 ｢과점주주｣를 기준으로 비과세․감면 여부를 판단하는 경우에는 과점
주주에 대한 비과세․감면규정을 별도로 규정(예：조특법 §120 ⑥)하여야 비과세․감면되기 때문에
누구든지 취득하더라도 비과세․감면되는 물건(예：1년 미만의 가설건축물)에 대하여만 비과세․감면
하여야 한다는 것이다. 따라서 창업중소기업의 부동산 취득시 감면, 산업단지 내 부동산 취득
시 감면 등은 감면되지 아니한다.
② 견해는 주식발행법인을 기준으로 비과세․감면 여부를 판단하는 경우에는 간주취득제도의
취지에 비추어 볼 때 주식발행법인의 취득시 비과세․감면되는 경우도 비과세․감면이 되는 것이
다. 따라서 위 ① 견해(과점주주 기준)와 ② 견해(주식발행법인 기준)에 대한 장․단점을 비교하여 볼
때 ① 견해(과점주주 기준)는 납세의무성립은 과점주주에게 있는 것이므로 비과세․감면대상 여부도 과점주주를 기준으로 판단되어야 한다는 견해로 조세특례제한법상 과세요건 판단 등이 명
확하여 논리적으로 설득력이 있으나, 간주취득의 의미를 형해화할 소지가 있는 데 비하여, ②
견해(주식발행법인 기준)는 과점주주에 대한 과세는 주식발행법인의 자산 등에 간주취득하는 것
이기 때문에 간주취득에 대한 과세취지에 부합하는 것이다.
향후 과점주주에 대한 비과세․감면은 비록 대법원 판결이 구법에 관한 판단이라도 판례와 같
이 운영하되, 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세․감면처분 판단받은 경우에는 신뢰
보호의 원칙상 추징할 수가 없으나, 판례 이후에 과세요건이 성립된 경우에는 비과세․감면처
분을 받지 아니한 경우라도 과세권소멸시효(5년) 이내에는 추징되는 것이다.