지특법 제2조 제1항 제2호에서는 ‘수익사업’의 정의를 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업으로 규정하고 있고, 「법인세법」 제3조 및 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제3호에서는 교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원을 경영하는 사업은 수익사업의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있으므로 종교를 목적으로 하는 단체가 사업주로서 유치원으로 사용하는 사업소인 경우에는 지특법 제50조 제3항의 주민세 재산분 면제 대상으로 보는 것이 타당히다.
직접 사용은 당해 향교․종교목적의 단체가 취득한 부동산에 대하여 사용권을 행사하여 당해 사업에 직접 사용하는 것을 의미하므로 당해 비영리단체가 사용하지 아니하고 제3자로 하여금 사용하게 한다든지 종교단체가 교환할 목적으로 취득하는 토지는 비록 교환대상 토지를 종교단체가 직접 사용할 계획이라 할지라도 종교단체가 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 것이다(내무부 세정 13407-244, 1996.3.4.).
또한 유예기간 내에 사용하는 것이라 함은 당해 목적사업에 사용하는 것을 의미하는 것이므로 토지형질변경 신청만 하고 건축공사에 착공하지 아니하는 경우에는 그 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 것이다(내무부 세정 13407-931, 1996.8.10.). 이 경우 제사․종교목적의 단체가 그 사업에 직접 사용하는 부동산인지의 여부는 그 실제의 사용관계를 기준으로 판단할 것이고 그 정관의 규정은 이를 판단함에 있어서 하나의 참고자료에 지나지 아니한다(대법원 86누36 참조).
[사례] 종교단체의 수익사업용 부동산 추징(조심 2016지0954, 2016.10.31.)
운동시설로 건축된 쟁점스포츠센터를 종교용도가 아니라 운동시설(수영, 아쿠아로빅, 헬스, 요가 등)용도로 사용하고 있는 점, 불특정 다수의 일반인들이 아무런 제약 없이 이용하는 점, 이용요금이 일반 스포츠센터의 그 것과 차이가 없는 등 일반적인 실비 수준으로 보기는 어려울 뿐만 아니라 매년 약 ○○○에 달하는 수입이 발생하는 점 등에 비추어 쟁점스포츠센터를 수익사업에 사용하는 것임.
[사례] 국고보조금 사업과 정당한 사유 적용(조심 2016지0064, 2016.4.15.)
국가 등으로부터 보조금을 받아 신축하는 경우 그 사업계획 심사과정에서 사업부지 확보가 필수적이라 할 것이므로 청구법인이 토지를 앞 당겨 취득하여 그 유예기간 내에 건물신축 공사를 착공하지 못한 것이라 하더라도 이를 청구법인의 귀책으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보이고, 이와 같은 사유는 정당한 사유에 해당함.