연결과세표준을 계산할 때 먼저 발생한 사업연도의 이월결손금부터 공제한다. 같은 사업연도에 2 이상의 연결법인에서 발생한 결손금은 해당 연결법인에서 발생한 결손금부터 연결소득 개별귀속액을 한도로 먼저 공제하고, 해당 연결법인에서 발생하지 아니한 2 이상의 다른 연결법인의 결손금은 해당 결손금의 크기에 비례하여 각각 공제된 것으로 본다(법령 120조의17 1항·5항).
[사례] 2014년부터 연결납세방식 적용, 2014년에 결손금 발생, 2015년에 연결소득금액 발생
| 구 분 | A법인 | B법인 | C법인 | D법인 | 계 |
|---|---|---|---|---|---|
| 연결소득금액 | 600 | △300 | △200 | 400 | 500 |
| 연결이월결손금 | - | - | △300 | △400 | △700 |
＜이월결손금 공제＞
| 구 분 | A법인 | B법인 | C법인 | D법인 | 계 |
|---|---|---|---|---|---|
| 연결소득 개별귀속액 | 300*1) | - | - | 200 | 500 |
| 해당 법인의 연결이월 결손금 공제(1순위) | - | - | - | △200*2) | △200 |
| 공제 후 이월결손금 잔액 | - | - | △300 | △200 | △500 |
| 타법인의 연결이월 결손금 공제(2순위) | △300 | - | (△180)*3) | (△120) | △300 |
| 미공제이월결손금 | - | - | △120 | △80 | △200 |
| *1) 500 × | 600 | = 300 |
| 600 ＋ 400 |
*2) D법인의 이월결손금은 D법인의 연결소득 개별귀속액을 한도로 먼저 공제한다.
*3) A법인의 연결소득금액에서 공제하는 이월결손금 300은 C법인과 D법인의 이월결손금이므로 결손금의 크기에 비례하여 공제한 것으로 본다.
| C법인 이월결손금공제액：300 × | 300 | = 180 |
| 300 ＋ 200 |
합병·분할시 자산처분손실과 이월결손금 공제 제한 (법법 76조의13 3항, 76조의14 2항)
| 구 분 | 공 제 제 한 |
|---|---|
| ① 연결모법인이 적격합병 요건에 따라 승 계한 피합병법인(합병등기일 현재 연결 법인이 아닌 법인만 해당한다)의 이월결 손금 | 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제 |
| ② 연결모법인이 다른 법인을 분할합병한 경우에 승계받은 이월결손금 | 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 소멸한 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제 |
| ③ 연결모법인이 다른 내국법인(합병등기 일 현재 연결법인이 아닌 법인에 한정 한다)을 합병(연결모법인을 분할합병 의 상대방법인으로 하는 분할합병 포 함)하는 경우 합병등기일 이후 5년 이내 에 끝나는 연결사업연도에 발생한 피합 병법인으로부터 양도받은 자산의 처분 손실 | 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(해당 자산처분손실 공제 전 금액)을 한도로 손금에 산입하되, 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 결손금으로 보아 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제 |
| ④ 내국법인이 다른 내국법인의 완전자법 인(설립등기일부터 완전자법인이 된 경 우 제외)이 된 후에 연결납세방식을 적 용한 경우 연결납세방식을 적용한 사업 연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도에 발 생한 자산(완전자법인이 되기 전에 취 득한 자산에 한한다)의 처분손실 | 해당 연결자법인의 연결소득 개별귀속액(해당 자산처분손실 공제 전 금액)을 한도로 손금에 산입하되, 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 결손금으로 보아 해당 완전자법인의 연결소득 개별귀속액(해당 자산처분손실은 공제하기 전 귀속액)을 한도로 공제 |