연결모법인은 연결산출세액에서 다음의 법인세액(가산세 제외)을 공제한 금액을 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세로서 신고기한까지 납세지 관할 세무서 등에 납부하여야 한다(법법 76조의19 1항).
① 감면공제세액
② 연결중간예납세액
③ 각 연결법인의 원천납부세액 합계액
연결자법인은 연결법인세 신고기한까지 연결법인별 산출세액에서 다음 금액을 뺀 금액에 가산세를 가산하여 연결모법인에게 지급하여야 한다(법법 76조의19 2항).
① 해당 연결법인의 감면공제세액
② 해당 연결법인의 중간예납세액
③ 해당 연결법인의 원천납부세액
내국법인이 연결납세방식을 적용함에 있어서 특정 연결법인의 결손금 통산 및 연결조정항목의 배분으로 개별납세방식에 따른 세부담보다 감소된 경우 해당 내국법인은 개별납세방식과 비교하여 감소된 세부담 상당액에 대해서는 결손금 등이 발생한 특정 연결법인에 지급할 의무는 없다(법인-1068, 2010.11.16.).