내국영리법인과 그 법인이 발행주식총수(의결권 없는 주식을 포함하며, 주식회사가 아닌 경우에는 출자총액을 말한다)의 전부를 직접 또는 간접으로 소유하는 다른 내국법인은 지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다(법법 76조의8 1항). 직접소유란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부를 보유하는 것을 말하며, 간접소유란 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 다른 내국법인의 총발행주식의 전부를 보유하는 것을 말한다.
다음에 해당하는 주식으로서 발행주식총수의 5% 이내의 주식은 완전지배 여부 판정시 주식의 범위에서 제외한다(법령 120조의12 4항).
① 우리사주조합이 보유한 주식
② 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식(근로자가 제3 자에게 양 도한 주식 포함)
③ 주식매수선택권의 행사에 따라 발행되거나 양도된 주식(주식매수선택 권을 행사한 자가 제3자에게 양도한 주식을 포함) 연결납세방식을 적용하는 경우에는 완전지배하는 자회사에 대해서 모두 연결납세방식을 적용해야 하므로, 자회사의 일부만을 선택하여 적용할 수 없다(법법 76조의8 1항).