1. 조세특례제한법상 중소기업

중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 즉시 중소기업에서 제외되면 그 동안 중소기업으로서 지원받던 세제상 지원이 일시에 중단되어 경영상의 어려움을 겪을 수 있다. 이에 따라 중소기업이 규모의 확대 등으로 졸업기준에 해당되거나 [별표 1]의 규모기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(“유예기간”)이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 중 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(②의 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다(조특령 2조 2항).

① 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

<대법원과 국세청의 이견>

중소기업기본법 제2조 3항에는 중소기업이 중소기업 유예 중인 기업을 합병하는 경우에는 중소기업 유예를 배제한다는 명문규정이 있으나, 반대로 중소기업 유예기간 중의 기업이 중소기업을 합병한 경우에는 이에 대한 규정이 없다. 그러나 국세청은 중소기업이 유예 중인 기업을 합병하든, 유예중인 기업이 중소기업을 합병하든 둘 다 유예기간이 적용되지 않는다는 입장이다. 반면에, 대법원은 중소기업기본법을 문언대로 엄격하게 해석하여 유예 중인 기업이 중소기업을 합병한 경우에는 잔여유예기간 동안 중소기업에 해당한다는 입장이다(대법원 2012두17520, 2013.2.24.). 조세특례제한법시행령의 규정도 중소기업기본법과 동일한 문장으로 되어 있다.

③ 독립성 요건(관계기업규정 제외)을 충족하지 못하는 기업에 해당하는 경우

④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

※ 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하나, 주된 사업이 중소기업 해당사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(조통 4-2…5).

예) 중소기업(사업연도 1.1.～12.31.)이 규모의 초과로 20x4년에 중소기업에 해당하지 않게 된 경우

기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다(조특령 2조 5항).