구상채권상각충당금 등은 해당 사업연도의 정기주주총회 등에서 잉여금을 처분하여 그 준비금 과목의 적립금을 적립한 경우에만 손금산입으로 세무조정할 수 있다. 다만, 처분가능이익이 부족한 경우 처분가능이익을 한도로 적립금을 적립하되, 준비금은 한도액까지 손금에 산입할 수 있다. 부족적립액은 그 후 사업연도에 처분가능이익이 발생하면 추가 적립해야 한다.
준비금을 익금에 산입하는 경우에는 동 적립금을 이익잉여금으로 이입하고 준비금을 익금산입하여야 한다. 환입하여야 할 금액보다 적립금을 과소이입한 경우에는 이입액에 관계없이 환입해야 할 금액을 익금에 산입한다. 그러나 과다이입한 경우에는 준비금을 설정한 사업연도에 적립금을 적립하지 않은 것으로 보아 손금산입한 사업연도에 준비금을 손금불산입한다(법령 98조 1항).
임의조정사항이 경정청구대상이 되는지 여부
임의조정사항을 손금산입하지 못한 경우에 경정청구가 가능한지에 대해서는 논란이 있다. 일반적인 경우에는 임의조정사항은 경정청구대상이 아니나, 처분가능이익이 없어서 적립금을 적립하지 못한 경우의 준비금은 경정청구대상이라는 판례가 있다(대법2000두1781, 2009.7.9).