예정신고기간에 대한 환급세액 중 환급받지 못한 세액과 예정신고기간에 대한 고지납부세액은 확정신고시 납부세액에서 공제하거나 환급세액에 가산한다.
납세자가 직접 전자신고방법에 의하여 부가가치세 확정신고를 하는 경우에는 10,000원을 납부세액에서 공제하거나 환급세액에 가산한다(조특법 §104의 8 ②).