의제매입세액은 면세농산물 등을 구입한 날이 속하는 과세기간의 예정신고 또는 확정신고시 매출세액에서 공제한다.
면세농산물 등이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 경우의 의제매입세액의 계산은 ‘ 겸영사업자의 세액계산특례’에서 살펴보기로 한다.
의제매입세액공제를 받은 면세농산물 등을 ① 그대로 양도 또는 인도하거나 ② 면세사업 또는 기타의 목적을 위하여 사용․소비하는 경우에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다(부법 §84 ②).