과세사업을 영위하는 사업자가 면세로 공급받은 농산물․축산물․수산물 또는 임산물과 소금 등을 원재료로 하여 제조․가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세(면세포기에 의하여 영세율이 적용되는 경우 제외)되는 경우에 한하여 매입가액의 일정률을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제한다.
의제매입세액공제를 받고자 하는 사업자는 면세농산물 등의 매입사실을 증명하는 법소정 서류(매입처별 계산서합계표 및 신용카드매출전표 등 수취명세서를 말함)를 제출하여야 한다(부법 §42 ②. 다만, 제조업을 영위하는 사업자가 농․어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액공제신고서만을 제출한다.